Dokončení prací je naplánováno na červen 2021. Celkové investiční náklady stavby činí 1 miliardu korun.

Odstranění propadu rychlosti přinese zkrácení jízdních dob vlaků na důležité spojnici Českých Budějovic a Plzně. Realizací stavby dojde jak ke zvýšení traťové rychlosti a propustnosti trati, tak i bezpečnosti cestujících a kultury cestování. Přestavbou projde celkem 4,5 kilometru trati. Kromě samotné stanice Pačejov se budou renovovat také části obou navazujících dvoukolejných úseků do Horažďovic předměstí a do Nepomuku.

V rámci stavby dojde v Pačejově k nahrazení stávajících úrovňových nástupišť novými s normovou výškou nástupní hrany 550 mm nad temenem kolejnice. Navrženo je zde jedno vnější a jedno jednostranné nástupiště, obě budou dlouhá 120 m. Mimoúrovňový přístup bude nově vybudovaným podchodem, handicapované osoby budou moci využít šikmý chodník, který doplní schodiště na nástupiště. Nové přístupové komunikace budou osazeny orientačním systémem pro cestující. Zastřešení získají výstupy z podchodu včetně čekací plochy ve stanici Pačejov.

V rámci prací proběhne rekonstrukce kolejových rozvětvení na obou koncích stanice. Na rozhodující výhybky se nainstaluje elektrický ohřev. Stávající zabezpečovací a sdělovací zařízení nahradí elektronické stavědlo 3. kategorie umožňující dálkové řízení provozu. Průjezd po hlavních kolejích se tak ve výsledku zvýší na 100 km/h.

Součástí projektu je i rekonstrukce dvou nástupišť a přístřešku na zastávce Kovčín a oprava dvou železničních mostů a devíti propustků. U dvou silničních nadjezdů budou instalovány nové ochranné sítě. Stavědla č. 1 a 2 a tři zděné sklady budou zdemolovány. Stávající výpravní budova v Pačejově projde úpravou pro umístění technologických zařízení. Na základě změn polohy kolejí se upraví trakční vedení.

Celkové investiční náklady akce s názvem Peronizace v žst. Pačejov a zvýšení rychlosti v km 299,650 – 304,009 činí 1 151 877 893 Kč bez DPH. Projekt je spolufinancován Evropskou unií z Fondu soudržnosti v rámci Operačního programu Doprava 2014–2020. Příspěvek EU může dosáhnout až 809 372 073 Kč. Národní financování zajišťuje Státní fond dopravní infrastruktury. Zhotovitelem stavby je Společnost ŽST PAČEJOV tvořená firmami BERGER BOHEMIA (správce společnosti), PORR, COLAS CZ a AŽD Praha.