Od roku 2000 se stal organizační součástí Institutu vzdělávání (IV) VS ČR se sídlem ve Stráži pod Ralskem jako detašované pracoviště v Praze. Kabinet měl postavení samostatného referátu přímo podřízeného řediteli IV VS a od roku 2006 náměstku ředitele IV VS pro vědeckovýzkumnou činnost a vysokoškolská studia. V letech 2007 – 2008 byl Kabinet s Archivem VS ve Skutči přechodně začleněn do oddělení vědeckovýzkumné činnosti IV VS. V pozdějších létech byl opět přímo podřízen řediteli IV VS. V souvislosti s povýšením IV VS na Akademii VS ČR v roce 2013 je Kabinet přímo řízen jejím ředitelem.

Sídlem Kabinetu v letech 1992 – 2000 byla budova Generálního ředitelství VS ČR, od roku 2000 objekt ve Vazební věznici Praha Pankrác a od roku 2003 jednopatrová budova v areálu Na Veselí 51, náležející do správy Vazební věznice Praha Pankrác. V roce 2007 byl Kabinet přemístěn do přízemního objektu, sousedícího s výstrojní službou odboru logistiky Generálního ředitelství VS ČR.

Zakládajícím pracovníkem Kabinetu byl doc. RNDr. Jan Uhlík, CSc. v roce 1992 a na jeho činnost navázal PhDr. Aleš Kýr, který se v roce 2000 stal vedoucím tohoto pracoviště. Řídí odborné pracovníky: PhDr. Ondřeje Hladíka – dokumentátora, Alenu Kafkovou – kurátorku mobiliárních a sbírkových fondů a do roku 2008 řídil též Eduarda Vacka – redaktora odborného časopisu Historická penologie. Později byla redakční práce zahrnuta do činnosti dokumentátora. Vedoucí Kabinetu též metodicky řídí určené pracovníky ve vazebních věznicích a věznicích, kteří byli příslušnými řediteli pověřeni ke spolupráci při vyhledávání, soustřeďování, evidování a využívání historicky významných materiálů.

Ve smyslu příslušných nařízení generálního ředitele VS ČR provádějí pracovníci Kabinetu badatelskou činnost k dokumentaci minulosti českého vězeňství a její výsledky publikují v odborných článcích a monografiích, zejména v časopisu Historická penologie. Vedoucí Kabinetu s dokumentátorem konají přednášky se zaměřením na tradice, deformace a reformy českého vězeňství, především pro příslušníky a zaměstnance VS ČR a pracovníky rezortu justice. Zajišťují též podávání informací o minulosti českého vězeňství do roku 1993 pro potřebu státní a veřejné správy, vědeckých, pedagogických a kulturních institucí a soukromých žadatelů, zpravidla studujících. V letech 2003 - 2006 vyřizoval dokumentátor žádosti oprávněných osob ve smyslu zákona č.107/2002 Sb., kterým se mění zákon č.140/1996 Sb., o zpřístupnění svazků, vzniklých činností bývalé StB a některé další zákony, pokud se jednalo o informace související s činností bývalé vnitřní ochrany SNV. Kurátorka sbírkových s mobiliárních fondů vyhledává, třídí a eviduje historicky významné materiály ve VS ČR, pečuje o depozitář a připravuje tematické výstavy dokumentů a sbírkových předmětů. Spravuje historickou expozici o zacházení s vězni na území ČR v Památníku Pankrác, která je určena ke vzdělávacím a pietním účelům. V neposlední řadě dohlíží na stav trvalých historických expozic ve věznicích Valdice, Mírov a Plzeň a vyřizuje zapůjčování sbírkových předmětů pro výstavní účely.

K plnění svěřených úkolů Kabinet úzce spolupracuje s archivem VS ČR, archivem Sboru vězeňské a justiční stráže SR, Archivem bezpečnostních složek Praha a Brno - Kanice, Národním archivem Praha, Vojenským historickým archivem v Praze a dalšími archivy. Dále spolupracuje s Muzeem Policie ČR, dalšími muzei a památníky v ČR i zahraničí a organizacemi bývalých politických vězňů. V oblasti historie soudnictví a vězeňství spolupracuje též s Ústavem pro soudobé dějiny AV, Ústavem pro studium totalitních režimů v Praze, ÚDV Policie ČR, Slezským ústavem SZM v Opavě, popř. s dalšími vědeckovýzkumnými institucemi. K poučení z minulosti českého vězeňství spolupracuje s Justiční akademií v Kroměříži, Policejní akademií v Praze, popř. s dalšími vysokými, vyššími a středními odbornými školami v ČR a zahraničí. Poskytuje odborné poradenství k minulosti českého vězeňství včetně reálií pro film, televizi a rozhlas. V letech 2009 – 2019 se pracovníci PhDr. A. Kýr a A. Kafková podíleli v rámci mezinárodního projektu Mene Tekel na přípravě divadelních rekonstrukcí politických soudních procesů z 50. let 20. století, ve kterých vystupovali posluchači Právnické fakulty UK.

Úprava činnosti

• v letech 1992 – 2000: Rozkaz ředitele SNV č. 26/1992, o zřízení a činnosti Kabinetu dokumentace a historie Sboru nápravné výchovy ČR,
• od roku 2000: Nařízení generálního ředitele VS ČR č.43/2000, o zřízení a činnosti Kabinetu dokumentace a historie VS ČR,
• od roku 2002: Nařízení generálního ředitele č. 42/2002, kterým se mění NGŘ č. 43/2000, o zřízení a činnosti Kabinetu dokumentace a historie VS ČR, 
• od roku 2022: Nařízení generálního ředitele č. 1/2022, o zřízení a činnosti Kabinetu dokumentace a historie VS ČR.

Z výsledků činnosti

Projekty

1. Vývoj vězeňství na území hl. města Prahy do roku 1945 (1992 – 1995)
2. Osobnost a odkaz vězeňského kaplana a reformátora F. J. Řezáče (J. Uhlík, 1995 – 1997)
3. Činnost trestních ústavů Valdice, Mírov a věznice Opava do roku 1939 (J. Uhlík 1996 – 1998)
4. Retribuční vězni a české vězeňství v letech 1945 – 1955. (A. Kýr, A. Kafková spolupráce se Slezským ústavem Slezského zemského muzea v Opavě, 1999 – 2002)
5. Zaniklé vězeňské hřbitovy v Praze (A. Kafková, 2003 – 2004)
6. Oběti porevolučních událostí v severočeském pohraničí v letech 1945 – 1946 (A. Kýr, A. Kafková, E. Vacek, 2005 - 2006)
7. Přehled pramenů k dějinám vězeňství po roce 1850 ve státních okresních archívech v Čechách, na Moravě a ve Slezsku (O. Hladík, 2004 – 2014)
8. Ukládání a výkon trestu mladých pachatelů v 16. – 20. století (A. Kýr, 2007)
9. Ukládání a výkon dlouhodobých, výjimečných a doživotních trestů v letech 1852 – 1939 (A. Kýr, 2008)
10. Justiční statky, vězni a zemědělství v letech 1945 – 1952. (O. Hladík, spolupráce s Národním zemědělským muzeem v Praze, 2008 – 2012)
11. Odborné vzdělávání vězeňského personálu v letech 1948 – 2010 (A. Kýr, A. Kafková, 2010)
12. Identifikace uren popravených a zemřelých vězňů ve výkonu trestu odnětí svobody, uložených na hřbitově v Praze – Motole (A. Kýr, A. Kafková, spolupráce s Národním archivem v Praze, ÚDV Policie ČR a Dokumentačním střediskem KPV, 2010 – 2012)
13. Organizace a řízení vězeňství v českých zemích v letech 1865 – 1992 (A. Kafková, 2010 – 2021)
14. Identifikace ostatků popravených a zemřelých vězňů ve výkonu vazby a trestu odnětí svobody, uložených na hřbitově v Praze – Ďáblicích (A. Kýr, A. Kafková, spolupráce s Národním archivem v Praze a Sdružením bývalých politických vězňů, 2013 – 2015)
15. Gustav Jelínek (1838-1931), život evangelického faráře, seniora a vězeňského duchovního správce (O. Hladík, 2016)
16. Soupis zemřelých polských vězňů na Mírově, uložených na místním vězeňském hřbitově v letech 1943 – 1945. (A. Kafková, spolupráce s Národním archivem v Praze, Státním oblastním archivem v Opavě – pobočka Olomouc a Městským úřadem v Mohelnici, 2016 – 2018)
17. Osudy zemřelých osob ve výkonu vazby a trestu odnětí svobody v pankrácké věznici v letech 1948 – 1965 (O. Hladík, 2016 – 2019)
18. Biografický slovník náčelníků nápravně výchovných ústavů a věznic ČSR a SSR v letech 1970 – 1989 (O. Hladík, 2017 – 2020)
19. Identifikace českých vězňů, zemřelých v nacistické káznici Wohlau v letech 1939 – 1945 (A. Kýr, spolupráce s polskou věznicí ve Wolowie, 2017 – 2018)
20. Identifikace míst uložení nevydaných ostatků popravených a zemřelých vězňů ve věznicích v Praze a Brně a trestních ústavech ve Valdicích, Plzni a na Mírově v letech 1948 – 1965 (A. Kýr, A. Kafková, spolupráce s Národním archivem v Praze, 2017 – 2021)

Výstavy

• Člověk za mřížemi – vývoj českého vězeňství (dočasná, Muzeum Kroměřížska, 1994) 
• Vývoj zacházení s vězni na území ČR (stálá, Památník Pankrác, 1995 – 1996) 
• Ústavy pro mladistvé provinilce na území Čech, Moravy a Slezska (dočasná, Muzeum Kroměřížska, 1996) 
• František Josef Řezáč – reformátor vězeňství a školství 19. století (dočasná, Justiční akademie v Kroměříži, 1998) 
• Tradice mezinárodních konferencí o vězeňství v Kroměříži (dočasná, Dům kultury v Kroměříži, 2002) 
• Politické procesy 50. let a případ Rudolfa Slánského (dočasná, Zotavovna VS ČR v Praze, 2003) 
• Historické kapitoly z vězeňského stravování (dočasná, Muzeum v Č. Budějovicích, 2003) 
• Justiční palác v proměnách času (stálá, Vrchní soud Praha, 2004) 
• Kresby obětí totalitní moci v letech 1943-1944 a 1949-1959 (dočasná, Památník Pankrác, 2004) 
• Prezentace pracovišť Institutu vzdělávání VS ČR (stálá, Institut vzdělávání VS ČR ve Stráži pod Ralskem, 2005) 
• Únor 1948 a případ R. Slánského (dočasná, Městský úřad Praha 4, 2005) 
• Pražské povstání 1945 v Praze 4 (dočasná, Městský úřad Praha 4, 2005) 
• Nepovolené předměty ve vazebních věznicích a věznicích (dočasná, Zotavovna VS ČR Tužín, 2005)
• Výstavba školského areálu VS ČR (stálá Institut vzdělávání VS ČR ve Stráži pod Ralskem, 2006) 
• Nepovolené předměty vězňů ve vazebních věznicích a věznicích (dočasná, Věznice Liberec, 2006) 
• Historické poutací prostředky ve vězeňství (dočasná, Zotavovna VS ČR Šlovice, 2006) 
• 150. výročí zřízení valdické trestnice (dočasná, Muzeum v Jičíně, 2007) 
• Historická expozice Věznice Valdice (stálá, Věznice Valdice, 2008) 
• Historická expozice Věznice Mírov (stálá, Věznice Mírov, 2008) 
• 150. výročí zřízení pankrácké věznice (dočasná, Zotavovna VS ČR Praha, 2009) 
• Výstava dobových fotografií k 20. výročí zřízení Zotavovny Praha (dočasná, Praha, Na Květnici 10, 2009) 
• Statická prezentace historie českého vězeňství v rámci Dnů NATO (dočasná, Ostrava – Mošnov, 2011) 
• Historie Věznice Plzeň v letech 1878 – 1994 (trvalá, Věznice Plzeň, 2012) 
• Statická prezentace historie českého vězeňství v rámci Dnů NATO (dočasná, Ostrava – Mošnov, 2012)
• Morální odkaz Vojtěchy Hasmandové, generální představené boromejek a politické vězeňkyně po roce 1948 (dočasná, Památník Pankrác, 2013)
• Z minulosti do přítomnosti českého vězeňství (dočasná, galerie Jazzové sekce v Praze, 2014) 
• 150. výročí zřízení ženské trestnice v Řepích (dočasná, galerie Jazzové sekce v Praze, 2015) 
• Potrestání nacistických zločinců a kolaborantů (stálá, in: Zločin a trest 1939 – 1947, část č. 5, Památník národního útlaku a odboje Panenské Břežany, 2016) 
• Odkaz Františka Josefa Řezáče nejen českému vězeňství (stálá, Akademie VS ČR ve Stráži p. Ralskem, 2016) 
• Když se pravda měnila v krev – vyšetřovací věznice StB v letech 1946 – 1956 (dočasná, Muzeum Policie ČR, 2017) 
• Vývoj zacházení s vězni na území ČR do roku 1993 (Inovace stálé expozice v Památníku Pankrác, 2018 – 2019) 
• Příslušníci 311. perutě RAF věznění v letech 1948 – 1968 (stálá, in: Rytíři nebes – 311. československá peruť RAF, Muzeum exilu a RAF v Brně, 2020)
• Příslušníci 310. perutě RAF mezi politickými vězni po roce 1948 (stálá, in: Rytíři nebes – 310. československá stíhací peruť RAF, Muzeum exilu a RAF v Brně, 2021) 
• Trestní stíhání a věznění příslušníků 312. perutě RAF po roce 1948 (stálá, in: Muzeum exilu a RAF v Brně, 2022)

Časopis
Odborný časopis Historická penologie vychází od roku 2003 a ve 20 ročnících vyšlo celkem 48 čísel s 10 přílohami. V letech 2003 – 2015 vycházely ročně 1 až 3 čísla, od roku 2016 vychází ročně 2 čísla. V roce 2017 Národní technická knihovna přidělila časopisu vydavatelský kód ISSN 2533-803X pro tisk a ISSN 2533-8048 pro webové stránky. Vyšlá čísla časopisu jsou k dispozici na internetové stránce ZDE. Vedle časopisu Historická penologie byly publikovány články v časopisu České vězeňství a dalších odborných časopisech a sbornících z konferencí.

Publikace
Ondřej HLADÍK, Kriminalita v rudolfínské Praze, Praha 2011
Ondřej HLADÍK, Hospodářská pomoc UNRRA na příkladu budování justičních statků, in: Veronika Středová, Jiří Štěpán, České, slovenské a československé dějiny 20. století, část V., Hradec Králové 2011
Ondřej HLADÍK, Šárka STEINOVÁ, Justiční statky – vězni a zemědělství, Praha 2012
Ondřej HLADÍK, Československé vězeňství a penologický výzkum v 70. letech 20. století, in: Tomáš Hradecký, Pavel Horák, České, slovenské a československé dějiny 20. století, část VI., Hradec Králové 2012
Ondřej HLADÍK, Rezortní politické procesy na příkladu tzv. Borské vzpoury, in: Tomáš Hradecký, Pavel Horák, České, slovenské a československé dějiny 20. století, část VIII., Hradec Králové 2013
Ondřej HLADÍK, Vězeňství a poválečná konfiskace zemědělských usedlostí, in: Jiří Rokoský, Libor Svoboda, Kolektivizace v Československu, Praha 2013
Ondřej HLADÍK, Rok 1953 jako vrchol sovětizace vězeňství, in: Jiří Petráš, Libor Svoboda, Osm let po válce – rok 1953 v Československu, Praha 2014
Ondřej HLADÍK, Zrušení věznic okresních soudů 1954 – 1957, in: Jiří Petráš, Libor Svoboda, Československo v letech 1954 – 1962, Praha 2015
Ondřej HLADÍK, Jaký je původ českých věznic, in: Jakub Drápal, Václav Jiřička, Tereza Raszková, České vězeňství, Praha 2021
Aleš KÝR, Reformní úsilí o prosazení koncepce českého vězeňství, in: Karel Netík a kol., Koncepce rozvoje vězeňství v ČR, VS ČR, 2. vydání, Praha 1998
Aleš KÝR, Památník Pankrác, VS ČR, Praha 1999. Aleš KÝR, Některé sociologické aspekty zacházení s vězni v ČSR v letech 1945 – 1955, in: Vězeňské systémy v Československu a ve střední Evropě 1945 – 1955, Opava 2001
Aleš KÝR, Způsoby zacházení s vězni v ČSR v letech 1945 – 1955, Opava 2002
Aleš KÝR, heslo Ozbrojené sbory ve vězeňství, in: Encyklopedie českých právních dějin, IV. svazek, Brno 2016
Aleš KÝR, heslo Vězeňství, in: Encyklopedie českých právních dějin, XX. svazek, Brno 2020
Aleš KÝR, Stavební typologie vazebních věznic a věznic ČR, in: Věznice české republiky, VS ČR, Praha 2019
Aleš KÝR, Spolupráce českých kriminologů a penologů, in: Institut pro kriminologii a sociální prevenci šedesátiletý, Praha 2021
Aleš KÝR, Alena KAFKOVÁ, Justiční palác v proměnách času, Vrchní soud, Praha 2004
Aleš KÝR a kol.: Pamětní almanach k 10. výročí Institutu vzdělávání VS ČR ve Stráži pod Ralskem, VS ČR, Praha 2006
Aleš KÝR, Alena KAFKOVÁ, Lena FÁBRYOVÁ, Z minulosti do přítomnosti pankrácké věznice, VS ČR, Praha 2009
Aleš Kýr, Alena KAFKOVÁ, heslo Protektorátní vězeňství, In: Encyklopedie protektorátu, Praha 2017
Aleš KÝR, Alena KAFKOVÁ, 25 let Vězeňské služby České republiky (1993 – 2018), VS ČR, Praha 2017
Aleš KÝR, Alena KAFKOVÁ, Výzkumný ústav penologický SNV ČSR, in: Encyklopedie českých právních dějin, XXI. svazek, Brno 2020
Aleš KÝR, Alena KAFKOVÁ, Příslušníci 311. perutě RAF, věznění v letech 1948 – 1968, in: Jan a Sabina Kratochvílovi, Rytíři nebes – 311. československá peruť RAF, Brno 2020
Aleš KÝR, Alena KAFKOVÁ, Příslušníci 310. perutě RAF mezi politickými vězni po roce 1948, in: Jan a Sabina Kratochvílovi, Rytíři nebes – 310. československá peruť RAF, Brno 2021
Aleš KÝR, Alena KAFKOVÁ, Trestní stíhání a věznění příslušníků 312. perutě RAF po roce 1948, in: Jan a Sabina Kratochvílovi, Rytíři nebes – 312. československá stíhací peruť RAF, Brno 2022
Jan UHLÍK, F. J. Řezáč – reformátor vězeňství a školství 19. století, VS ČR, Praha 1997
Jan UHLÍK, Historie věznění a vězeňství v Čechách, VS ČR, Praha 2006