Referenční a diskontní sazby se používají jako náhrada tržní sazby k výpočtu grantového ekvivalentu podpory, zvláště v případě, kdy se podpora vyplácí v několika splátkách, a k výpočtu části podpory, která vyplývá z režimů dotace úroků. Slouží rovněž ke kontrole souladu s pravidlem de minimis a s předpisy o blokové výjimce.

Konkrétním příkladem využití referenční sazby je situace, kdy Evropská komise rozhodne, že nelegálně poskytnutá veřejná podpora je neslučitelná s vnitřním trhem a nařídí členskému státu, aby učinil veškerá nutná opatření k získání podpory od příjemce zpět včetně úroků. Tyto úroky se stanovují právě na základě referenční sazby.