Hlavní revitalizační práce uskutečněné pobočkou České společnosti ornitologické, které probíhaly v letech 2012 – 2015, se příznivě podepsaly na záchraně kriticky ohroženého druhu všivce bahenního, který figuruje na tzv. červeném seznamu, dříve se v této lokalitě vyskytovalo pouze několik exemplářů, nyní jich pouhým okem najdete stovky. Podle Martina Hyského není vyloučeno, že jde o největší populaci v České republice. Přírodní památka Chvojnov je vyhledávanou lokalitou pro badatele, kteří sem jezdí pro vzorky mechů. Na jednom místě, právě zde na Vysočině, bylo za poslední léta popsáno nejméně 70 druhů mechů, při pečlivém pozorování mezi nimi zcela běžně objevíte masožravou rosnatku okrouhlolistou. Mezi jezírky, tůněmi a rašeliništi jsou právě nyní v plném květu silně ohrožené prstnatce májové. Při jejich pozorování bude zcela běžné, že vyrušíte při hnízdění silně ohroženou bekasinu otavní – ptáčka, který na sebe upozorní typickým zvukovým projevem, kterým jsou mekavé zvuky. Vydávají je samci chvěním ocasních per zejména v ranních a podvečerních hodinách při střemhlavém letu, který předvádí během obletování teritoria.

Přírodní památka Chvojnov je tradičně udržována mozaikovitým kosením, což příznivě ovlivňuje existenci už zmíněných ohrožených druhů.