Účast Andreje Babiše mladšího u soudu nejprve provázely jisté nejasnosti. Nejdříve uvedl, že  je ve Švýcarsku a nepřicestuje, následně svůj názor změnil. Ve středu soudce Šott oznámil, že v pátek k soudu dorazí. „Svědek kontaktoval soud a sdělil, že v pátek bude vypovídat,“ uvedl podle serveru iDNES.cz s tím, že právníci předsedy hnutí ANO požádali o znalecké posouzení zdravotního stavu Babiše juniora před pátečním výslechem. Nicméně soudce Jan Šott to během středečního jednání odmítl jako nedůvodné.

Babiš starší následně konstatoval, že se soudu v pátek nezúčastní, soudce šéfa hnutí ANO omluvil. Důvodem podle jeho advokáta je, aby to nemělo na syna negativní vliv.  „Syn k němu nemá dobrý vztah a pan Babiš si myslí, že by ho jeho přítomnost v sále mohla poškodit,“ řekl Bruna.

Babiš junior v minulosti novinářům řekl, že z něj otec udělal tzv. bílého koně a že nikdy nechtěl být součástí dotačního podvodu. Seznam Zprávy následně upozornily, že Babiš junior při výpovědi zpochybnil svůj podpis na smlouvě k nabytí čtyř akcií společnosti Farma Čapí hnízdo. Písmoznalec Aleš Čulík před soudem konstatoval, že se původ podpisu nepodařilo objasnit. „Nelze z toho však konstatovat jednoznačnější závěry kvůli nedostatku srovnávacích podpisů Andreje Babiše mladšího,“ řekl znalec k tomu, že u některých podpisů byly částečné shody s podpisy jeho otce.

Stíhání Andreje Babiše mladšího zastavil v únoru 2020 státní zástupce Šaroch. Nejvyšší státní zastupitelství (NSZ) usnesení přezkoumalo a ponechalo v platnosti. Trestní stíhání Babiše mladšího tak definitivně skončilo, NSZ přitom zohlednilo i jeho zdravotní stav.

Žalobce podle dřívějších informací navrhuje pro expremiéra tříletou podmínku a peněžitý trest deset milionů korun, pro Nagyovou pak žádá stejný podmíněný trest, zaplatit by měla půl milionu korun. Babiš i Nagyová od začátku vinu odmítají.