Jeden z prvních vážnějších střetů mezi oběma politiky se stal v dubnu kvůli OKD. Podle Babišova rezortu poslala vláda, ve které byl Sobotka ministrem financí, do Bruselu nepravdivé informace a následně připravila špatnou privatizací společnosti stát o miliardy korun. Premiér pochybení odmítl. „Prodávali jsme to za cenu, která byla nad znaleckým posudkem i nad stanoviskem Úřadu pro ochranu hospodářské soutěže, takže vláda prodávala za tržní cenu,“ kontroval Sobotka. 

Jeho negativní roli v privatizaci OKD „propírala” Babišovým Agrofertem vlastněná média, ministr financí ale odmítl podezření, že tím chce svého koaličního partnera oslabit. 

Že uvnitř koalice vládne takzvané ozbrojené příměří, se znovu potvrdilo při schvalování zvýšení platů ústavních činitelů. Bohuslav Sobotka na poslední chvíli odmítl dohodu všech sněmovních stran na zvýšení o 14 procent, o kterém předem věděl. 

„Zvýšení platů, ke kterému meziročně dojde, je v intencích růstu platů zaměstnanců veřejného sektoru, což si myslím, že je dobré řešení, že se platy ústavních činitelů nezvyšují více, než rostou třeba platy učitelů,“ vysvětloval pak po hlasování, proč podpořil tříprocentní zvýšení, se kterým přišel šéf sněmovny Jan Hamáček na poslední chvíli. Vysloužil si za to kritiku nejen opozičních, ale i vládních poslanců. Své k tomu v České televizi řekl i Andrej Babiš. 

„Dne 22. listopadu zasedalo předsednictvo ČSSD, na kterém pan premiér navrhnul, že zvýšení je nepřijatelné, a stal se bojovníkem proti zvýšení platů. Jako koaliční partner jsme dokonce ani nebyli informováni, že předsednictvo takto rozhodlo,“ poznamenal Babiš. I tento spor zatím - jako většina - „vyšuměl“ do ztracena, poslední ale zřejmě nebude. Ne nadarmo sami vládní poslanci často opakují známý bonmot, že největší nepřítel je koaliční partner. 

Někdy si ale „začne“ premiér. Například když před evropskými volbami kritizoval kandidáta hnutí ANO Pavla Teličku. Sobotka o něm prohlásil, „že se dokáže včas přisát na nějakého miliardáře“. Babiš mu přes média pohrozil, že mu dá lopatou, když nepřestane. 

Někdy ale musí předseda vlády naopak řešit spory mezi svými ministry. Jako když se Andrej Babiš pustil do ministra zdravotnictví Svatopluka Němečka. „Pokud vím, pan Babiš obvinil pana Němečka z toho, že má psychické problémy, že je alkoholik a že potřebuje nějaké peníze na dostavbu svého domu. Předpokládám, že pan Babiš má pro to důkazy a že svá obvinění doloží, nebo se omluví,“ řekl tehdy Sobotka.