Žaloba Agrofertu se týkala dvou reportáží vysílaných v pořadu Reportéři ČT. Česká televize měla podle společnosti nepravdivě spojit odvolání ředitele příbramského finančního úřadu právě s Agrofertem, a tím poškodit jeho pověst.

V upoutávce na reportáž měla zaznít slova: „Doměřil daň Agrofertu. Jako ředitel skončil. Dvojí metr finanční správy.“ Podle společnosti tak televize dala zavádějícím a manipulativním způsobem do souvislosti doměření daně společnosti Primagra, a.s., patřící do koncernu Agrofert, s informacemi o tom, že pan Karel Trefný musel skončit na pozici ředitele finančního úřadu v Příbrami.

Soudkyně Monika Vacková však při jednání několikrát uvedla, že si veřejnost spojovala některé kroky státu se společností už dříve. „Akcionář společnosti si přece musí rozmyslet, jestli se stane ministrem financí. Když byl jediný akcionář Agrofertu ministrem financí, nebyl tedy Agrofert a stát propojen? Nemůže si to novinář veřejnoprávní televize dovolit myslet a říct?“ řekla soudkyně při prvním jednání.

V reportážích ČT z 23. září a 7. října loňského roku vystupoval Trefný, jehož úřad dopočítal společnosti Primagra DPH 1,5 milionu korun. Muž byl hned poté přeložen do Prahy, což označil za šikanu, a justice mu poté dala za pravdu. Po vyhraném sporu s finanční správou se vrátil do práce v Příbrami, ale jen jako běžný úředník. Podle právního zástupce ČT byly reportáže korektní.

Andrej Babiš vložil své akcie kvůli zákonu o střetu zájmů do svěřenských fondů v roce 2017. Podle auditu Evropské komise má však nadále zájem na hospodářském úspěchu Agrofertu a vliv na svěřenské fondy. České republice kvůli tomu hrozí, že přijde o unijní dotace v řádu několika stovek milionů korun. Babiš však střet zájmů trvale popírá.