V kauze parkovacího domu v areálu bývalé mlékárny u hlavního vlakového nádraží obžaloba viní Malíře z toho, že jako předkladatel ostatním členům rady města a zastupitelstva vědomě podával nepravdivé a zkreslené informace se záměrem, aby si Hradec Králové koupil parkovací dům, který budovala soukromá firma. Město za parkovací dům v roce 2010 zaplatilo 75 milionů korun, ale podle revizního znaleckého posudku byla obvyklá cena nemovitosti 41,6 milionu korun.

Podle státního zastupitelství Malíř nedostál svým povinnostem a věděl, že město nakupuje nevýhodně. Podle obžaloby také jednal tak, aby úřad nedělal takzvanou předběžnou finanční kontrolu. Na vyšší cenu neupozornil prý ani jiným způsobem. Malíř údajně způsobil škodu 33 milionů korun.

Kauzu zpátky do Hradce po dovolání nejvyššího státního zástupce poslal Nejvyšší soud. Žalobce nesouhlasil se zprošťujícími rozsudky krajského a vrchního soudu.