Řada zadavatelů ze státní správy naproti tomu používá při zadávání svých veřejných zakázek elektronické nástroje soukromých firem, které vznikly v době zpožďování Národního elektronického nástroje. Ten byl naostro spuštěn až v srpnu 2015, po rok a půl trvajícím zkušebním provozu, kdy k zadávání veřejných zakázek nesloužil. Přesto Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR) v této době zaplatilo za jeho provoz víc než 46 milionů korun, upozornil NKÚ.

V souvislosti s NIPEZ a Národním elektronickým nástrojem porušilo MMR podle kontrolního úřadu rozpočtovou kázeň až do 267,6 milionu korun. „Ministerstvo také porušilo zákon o veřejných zakázkách i podmínky, za kterých peníze na projekty získalo z evropských dotací,“ uvedl NKÚ. Ministerstvo podle kontrolorů například u vývoje Národního elektronického nástroje neoprávněně zadalo zakázku v jednacím řízení bez uveřejnění, výrazně změnilo podmínky zadávací dokumentace a také smluvený předmět díla, což mohlo mít negativní vliv na výběr nejvhodnější nabídky.

„Pokulhává i kvalita dat ve Věstníku veřejných zakázek a Informačním systému o veřejných zakázkách. Snižuje se tak transparentnost zadávání zakázek,“ tvrdí NKÚ. Přetrvává podle něj i problém s neúplností, zdvojením a nesprávností dat v elektronických tržištích. Dvě e-tržiště, která ještě zůstala v provozu, se MMR chystá příští rok zrušit s tím, že je nahradí Národní elektronický nástroj. Podle kontrolorů ale hrozí, že Česká republika kvůli tomu bude vracet evropské dotace, protože tržiště by nefungovala pět let od dokončení, jak vyžadují podmínky pro čerpání evropských peněz.