Babiš junior žije dlouhodobě ve Švýcarsku a české policii se nedařilo uskutečnit jeho výslech.

Policie řeší údajný podvod s padesátimilionovou dotací EU na stavbu rekreačního a konferenčního areálu Čapí hnízdo déle než tři roky. Babiš, který je od října 2017 obviněný z dotačního podvodu a z poškození finančních zájmů Evropské unie, dlouhodobě odmítá, že by se kolem farmy dělo cokoliv nezákonného.

Společnost Farma Čapí hnízdo, tehdy ještě pod názvem ZZN AGRO Pelhřimov patřila Agrofertu. V prosinci 2007 se firma přeměnila na akciovou společnost s akciemi na majitele. V létě 2008 získala evropskou dotaci v programu pro malé a střední podniky, na kterou by jako součást Agrofertu neměla nárok. Po několika letech se společnost vrátila pod Agrofert.

Babiš vlastnil Agrofert do února 2017, následně jej vložil do svěřenských fondů. V roce 2016 řekl ve Sněmovně, že Čapí hnízdo vlastnily v době získání evropské dotace jeho dvě dospělé děti a bratr jeho partnerky. Právě dvě Babišovy děti, jeho manželka Monika a švagr Martin Herodes si také vyslechli policejní obvinění.

Andrej Babiš mladší předloni v listopadu sdělil novinářům, že spolupracovníci jeho otce ho kvůli vyšetřování kauzy Čapího hnízda unesli a drželi na Krymu. Premiér Babiš reagoval tak, že jeho syn trpí schizofrenií. Opozice pak ve Sněmovně vyvolala hlasování o nedůvěře, které Babišova vláda ustála. V kauze byl původně stíhán i první místopředseda ANO Jaroslav Faltýnek. Státní zástupce však následně vyhověl jeho stížnosti a obvinění zrušil.