O nové podobě brněnského nádraží se intenzivně diskutuje posledních deset let, kdy město začalo prosazovat odsun nádraží o zhruba 800 metrů jižně do místa nynějšího dolního nákladového nádraží. Tato varianta ale narazila na odpor části veřejnosti a občanských sdružení, kterým vadí odsun nádraží z centra.

Nárůst odporu části veřejnosti od roku 2002 připouští i Ministerstvo dopravy, které nyní čeká na výsledek studie proveditelnosti. Ta umožní porovnat obě varianty, tedy odsun nádraží i ponechání nádraží v centru města pod Petrovem. V potaz by podle ministerstva mělo být vzato budoucí rozšiřování brněnského železničního uzlu o vysokorychlostní železniční tratě, ekonomické vyhodnocení nákladů a přínosů obou variant, dopad na městskou dopravu v Brně a veřejnou dopravu v Jihomoravském kraji. Studie by měla být hotová příští rok.

Obě zvažované varianty by stály kolem 20 miliard korun, které by měla z velké části pokrýt Evropská unie. K přesunu nádraží by se příští rok na podzim měla v referendu vyjádřit veřejnost.