Za způsobenou škodu při záchranných a likvidačních pracích IZS podle zákona odpovídá stát, avšak peněžní náhradu poskytuje stát prostřednictvím krajského úřadu. Právě toto ustanovení vedlo ústřední orgány státní správy k rozdílným výkladům. Podle zlínského hejtmana Stanislava Mišáka (ČSSD) by mělo být jasně řečeno, jak se škody budou hradit a že je bude hradit stát.

Současný zákon podle Mišáka neobsahuje dostatečně jasnou a úplnou úpravu náhrad za omezení vlastnického nebo užívacího práva, poskytnutí věcné nebo osobní pomoci a náhrad škod, které vznikly jako důsledek záchranných a likvidačních prací a cvičení. Podle návrhu by mělo být jasně řečeno, že krajské úřady jsou jen zprostředkovateli. Přijímaly by žádosti a distribuovaly rozhodnutí, o přiznání náhrad by měl rozhodnout stát, který je také platí a určuje náležitosti žádostí i postup při administraci.

Návrh schválilo zastupitelstvo Zlínského kraje. Podle Mišáka byl konzultován se všemi kraji. Podobný návrh údajně připravoval také Moravskoslezský kraj, podle hejtmana se nakonec přiklonil k návrhu Zlínského kraje.

Obyvatelé tří obcí v okolí Vrbětic již dostali 3 100 korun jako náhradu za evakuace

Se žádostí o náhradu věcné škody v souvislosti s výbuchy ve Vrběticích uspěli jen dva žadatelé, kteří požadovali kompenzaci týkající se hospodářského zvířete a odběru elektřiny ve firmě. Kraj přijal od lidí 136 žádostí, posoudil je a přeposlal ministerstvu vnitra, požadoval proplacení 1,15 milionu korun pro 38 žadatelů. Lidé žádali zejména náhrady za objížďky, firmy za přerušení výroby a ušlý zisk. Odškodnění se týkalo lidí, kteří byli poškozeni v souvislosti se zásahem integrovaného záchranného systému. Škody způsobené samotnými výbuchy by měl hradit viník, ten však ještě není známý.

Obyvatelé tří obcí v okolí Vrbětic již dostali 3 100 korun jako náhradu za evakuace. Kvůli explozím v muničních skladech muselo své domy nuceně opustit při pěti evakuacích asi 2 000 lidí. Majitelé lesů v okolí areálu dlouhodobě upozorňují na to, že se na své pozemky nemohou dostat a hospodařit na nich. Někteří lesníci se vzhledem k postupnému čištění území od munice již ke svým pozemkům dostanou, řada však stále ne. Mohli žádat na ministerstvu obrany o náhradu zvýšených nákladů, přišlo však jen několik žádostí. Podmínkou totiž bylo, že jde jen o takzvané lesy zvláštního určení, které se nacházejí uvnitř areálu. Lesy, do kterých je stále zakázán vstup, však leží i mimo vnitřní areál.