Závažné spory se Slováky začaly již v roce 1938. Ne že by přetím nebyly, ale Češi nebyli ochotni ustoupit žádnému, byť sebemenšímu požadavku národnostních menšin na autonomii. V červnu zveřejnila Slovenská ľudová strana k 20. výročí podepsání Pittsburské dohody nový návrh autonomie pro Slovensko, který vycházel z návrhu předsedy československé vlády Milana Hodži na federalizaci státu z roku 1937. Beneš místo federalizace či autonomie slíbil reprezentantům strany ľudové administrativní a personální ústupky. S nimi se Slováci v polovině roku 1938 již nehodlali spokojit. Jako další možnosti Slováci zvažovali trojfederaci českých zemí, Slovenska a Polska, slovensko–polskou unii, společný stát z českých zemí, Slovenska a Maďarska, unii tvořenou Slovenskem a Maďarskem, nebo samostatný slovenský stát v rámci Německé říše, Slovensko coby samostatný neutrální stát garantovaný velmocemi, samostatný slovenský stát pod německým protektorátem. Vedení strany ľudové však upřednostňovalo federativní společný stát s Čechy s právem Slováků na sebeurčení, což vyplývalo i z manifestu zveřejněného v Žilině 7. 10. 1938. Po mnichovské konferenci se najednou slovenská autonomie stala akceptovatelnou. Češi, zřejmě otřeseni ztrátou území, přiznali Slovensku a Podkarpatské Rusi autonomii (poslední ji měla nenaplněnou, přiznanou na papíře již od mírových smluv v Paříži z roku 1919–1920), 22. 11. 1938 vznikl federativní stát (s pomlčkou v názvu) s centrální vládou v Praze a vládami Slovenskej krajiny a Karpatské Ukrajiny. Tedy teprve velmi reálná hrozba brzkého rozpadu státu, dontila Čechy k ústupkům, k federalizaci.

Počátkem března 1939 upozornil francouzský styčný důstojník československou zpravodajskou službu, že v nejbližší době dojde k německé invazi, 8. 3. 1939 si to českoslovenští vojenští zpravodajci ověřili z vlastních zdrojů a 11. 3. ráno již znali od svého agenta Paula Thümmela (A 54), který dojel vlakem z Německa do Turnova, přesné datum i celkové řešení: Protektorat Böhmen und Mähren a samostatný slovenský stát počínaje 15. 3. Téhož dne odpoledne informovali o všem vládu. Vláda informacím vojenské zpravodajské služby nevěřila, protože již dvakrát totálně selhala – nic netušila o přípravách k anšlusu Rakouska a v květnu 1938 na základě falešných informací, jejichž pravost si neověřila, vyvolala první československou mobilizaci a tím málem i válku s Německem.

Během zbývajících dní do okupace zbytku českých zemí se nikdo nepokusil o zničení vojenského materiálu a výzbroje, vše bez jediné výjimky padlo do rukou Němců, i prototyp nového tanku LT-38 a výrobní dokumentace k němu. Ba ani přípravy ke zničení se nepodnikly –chrabří junáci, kteří před několika měsíci údajně chtěli nebojácně bránit republiku před stejným nepřítelem, vše předali neporušené Wehrmachtu (!). Nikdo z důstojníků se nevzepřel, aby byť na nejnižším velitelském stupni armády nařídil zničení vojenské výzbroje; nenapadlo to ani řadové vojáky, před několika měsíci údajně tak chtivé boje. Připomeňme vichystické loďstvo, které se samo potopilo, aby nepadlo do Hitlerových rukou. Jedinými dvěma výjimkami byly Frýdek-Místek a Mukačevo, kde se česko-slovenská armáda do bojepustila.

Dvě polské divize se začaly 4. 3. 1939 stahovat k československým hranicím a byly 12. 3. připraveny k vpádu do těšínské části Československa a Beskyd. Od 13. 3. byla připravena polská armáda i na hranicích podkarpatskoruských. 11. 3. se vydala z kasáren maďarská armáda a zaujala pozice u hranic východního Slovenska s Podkarpatskou Rusí, 13. 3. byli povoláni do zbraně záložníci a maďarský rozhlas hlásil, že 15. 3. se armáda vydá na pochod „osvobodit své rusínské bratry“. Maďarské vojsko 14. 3. 1939 (!) dobylo i přes ozbrojený odpor česko-slovenské armády Mukačevo a obsadilo ho.