Je to především prezident republiky, nadaný pravomocí zastavit trestní stíhání nebo milostí zrušit soudní rozhodnutí. Pouze v případě zastavení trestního řízení je jeho rozhodnutí omezeno souhlasem předsedy vlády, jinak je suverénním pánem nad lidskými osudy. Není povinen svá rozhodnutí vysvětlovat. Odmítnutý žadatel nemá šanci prezidentovo rozhodnutí zvrátit. „Podivné milosti“ prezidentů Václava Havla a Miloše Zemana vyvolaly vlnu společenské kritiky, která šla v některých případech až do vyslovení požadavku na zrušení tohoto „monarchického“ privilegia. Občas se vyskytlo podezření, že někdo si milost „koupil“. Ale v žádném případě se nepodařilo podezření prokázat, byť je i policie prověřovala.

Na institutu milosti se občas přiživují dovedové, kteří zájemcům nabídnou zprostředkování udělení milosti. Požádají o nevratnou zálohu na výlohy (třeba na uplacení hradních úředníků) a nechají si slíbit tučnou odměnu za každý rok prominutého trestu. Obvykle pak skutečně vykonají úkony, které by mohly přesvědčit prezidenta, že udělení milosti je na místě. A někdy jimi podporovaní žadatelé milost skutečně dostanou. Ovšem nelze prokázat, že udělení milosti je výsledek jejich úsilí.

V každém případě podíl hradních úředníků a různých poradců zůstává žadatelům a veřejnosti převážně skrytý. Zastřený bývá i vliv ministerstva spravedlnosti, jemuž trestní řád přikazuje provádět pomocné úkony, pokud si to prezident přeje. Vliv pomocných sil je různě silný, protože  každý z dosavadních prezidentů měl ke způsobu  projednávání žádostí o  milost jiný přístup. Za rozumný považuji přístup  prezidenta Václava Klause, který se obešel bez vměšování ministerstva i bez „podivných“ milostí.

Velkou individuální pravomoc má  ministr spravedlnosti, jenž může stížností pro porušení zákona napadnout pravomocný rozsudek nebo pravomocné usnesení státního zástupce. Na rozdíl od milosti prezidenta neřeší osud žadatele s konečnou platností, pouze vrací jeho věc k  posouzení Nejvyššímu soudu ČR. Jeho pravomoc omezuje ale zákaz napadání rozhodnutí Nejvyššího soudu ČR. Je proto obtížné vypracovat podnět k  podání stížnosti pro porušení zákona, protože předkladatel se musí vyhnout námitkám proti argumentaci Nejvyššího soudu ČR, pokud již ve věci rozhodoval na základě dovolání. Kromě toho stížnost pro porušení zákona proti zprošťujícímu rozsudku má pouze akademický význam, tedy rozsudek nelze na jejím základě zrušit.

Na pravomoc podat stížnost pro porušení zákona kdysi navazovala pravomoc ministra propustit žadatele z vazby nebo výkonu trestu až do rozhodnutí Nejvyššího soudu ČR o stížnosti. O toto právo své následovníky připravil novelizací trestního řádu osvědčený škodič, ministr Jiří Pospíšil. Změnil je na právo požádat soud, aby uvážil propuštění. Jako stoupenec výrazně represivního pojetí justice se toho dopustil v době svého druhého mandátu, kdy se cítil oprávněn napravovat domnělé nepřístojnosti ministryně Daniely Kovářové. Ta byla v tomto ohledu jeho protipólem: řídila se názorem, že nemůže nečinně přihlížet k utrpení vězněného, o jehož vině na základě analýzy jeho spisu pochybuje. Jiří Pospíšil šel v tomto  směru ještě dál. Zasáhl do nezávislosti Nejvyššího soudu zpětvzetím stížnosti pro porušení zákona, podané Danielou Kovářovou, přestože již bylo nařízeno její veřejné projednání. Krátil tím ovšem odsouzené v právu na spravedlivý proces a důvodnost stížnosti nebyla vyvrácena ani potvrzena.