Odstupující ministr vysvětlil své  rozhodnutí nechutí snášet dále tlak mediálních spekulací o jeho připraveném odvolání.

Spekulace skutečně v posledních dnech zaznívaly, ale není známo, z čeho vycházely. Andrej Babiš se na televizní obrazovku vyjádřil, že byl s jeho prací spokojený. Myslel-li to vážně, utekl Jan Kněžínek před nepodloženými spekulacemi. Srovnám-li způsob, jakým s ním media zacházela s tím, čemu po nástupu do funkce kdysi čelila Daniela Kovářová či Helena Válková po celou dobu svého působení na ministerstvu, zdá se mi, že prchl příliš rychle. V každém případě si nevzal vzor z Andreje Babiše, který čelí útokům několikrát denně, a přesto stále jede na plný výkon. Je pravda, že je lépe resignovat než být vyhozen. Jde o to, zda Janu Kněžínkovi někdo nepodsunul zneklidňující zprávu o připraveném odvolání s cílem uvést jej do pohybu a připravit tak Andreji Babišovi starosti navíc. Nicméně děj je nevratný, takže nezbývá, než jeho odchod vzít na vědomí.

Nebudu plakat kvůli odchodu ministra, který projevoval necitelnost vůči strádání obětí výstřelků justice a státního zastupitelství a současně toleroval nepřístojnosti soudců i státních zástupců včetně Nejvyššího státního zastupitelství a jeho šéfa. Příznačné pro něj je rozhodnutí přenést rozhodování o kárném stíhání soudkyně Ivety Šperlichové na předsedu Nejvyššího soudu ČR, ačkoli měl dost času na to, aby věc vyřídil ve vlastní pravomoci. 

Trapně působí exploze spekulací, podnícená jeho resignací. Důležitě se tvářící panikáři naznačují, že Jan Kněžínek neodchází dobrovolně, ale na nátlak Andreje Babiše. Nezní do úplně nesmyslně, protože s dobrovolností resignace Heleny Válkové také nebylo vše v pořádku a kdo dokáže vydírat jednou, je způsobilý to zopakovat. Jenže v případě Heleny Válkové jí Andrej Babiš dával najevo nespokojenost veřejně a nechránil ji, když si z ní novináři z jím vlastněných novin udělali virtuální kopací míč. Nebylo proto překvapivé, když „dobrovolně povinně“ vyklidila pozice. O Janu Kněžínkovi ale Andrej Babiš tvrdí, že s ním je spokojen, i když to asi na „čistou výbornou“ není.

Podle jiných jeho odchod souvisí s vývojem v trestním řízení známém jako „kauza Čapí hnízdo“, které předáním návrhu na podání obžaloby přechází plně do rukou resortu spravedlnosti, speciálně do rukou státního zastupitelství. Pravomoc ministra vůči státnímu zastupitelství je ale tak malá, že by sotva dokázal klást odpor jakémukoli svévolnému rozhodnutí státního zástupce a na iniciativu k vyvolání jeho pohybů v určitém směru nemá sílu v žádném případě.