Prezentovaná díla a předměty patří k tomu nejlepšímu, co se v západních Čechách zachovalo. Nejstarší z nich pocházejí ze začátku 14. století, liturgické předměty z konce 15. století. Například Malesická monstrace nebo kalich ze Zvíkovce mají patřit mezi největší skvosty klenotnice (v prostoru bývalé nemocnice s renesanční kaplí). Do muzea se z Národní galerie v Praze vrátilo také několik zásadních děl. Příkladem je pozdně gotický reliéf s jezdeckou postavou sv. Jiří či obraz Panny Marie z Poleně od Lucase Cranacha. „Svým způsobem budou exponátem i rekonstruované nejkrásnější prostory kláštera s kapitulní síní a kaplí sv. Barbory s bohatou freskovou výzdobou z konce 15. a začátku 16. století,“ říká Jan Soukup, architekt, který stál u zrodu myšlenky vytvořit v prostorách bývalého františkánského kláštera expozici sakrálního umění.

Expozice je rozdělena na dvě části. V přízemních ambitech a kapitulní síni jsou instalována výtvarná díla, představující historické a svaté osoby a některé děje ze života svatých a dějin spásy člověka. V patře jsou vystaveny předměty sloužící kultu s vysvětlením jejich významu pro křesťanský život. Představeny jsou i reálie každodenního křesťanského života a liturgický rok. Muzeum nabízí i mobiliář původní historické klášterní knihovny. Autory expozice jsou Mgr. Luděk Krčmář a Ing. arch. Jan Soukup, spoluautorem klenotnice je PhDr. Jan Mergl.

Muzeum církevního umění plzeňské diecéze je výsledkem spolupráce Biskupství plzeňského, Plzeňského kraje, města Plzně a Západočeského muzea, které bude jeho provozovatelem. Každý z těchto subjektů do něj vložil nemalé finanční prostředky. Osmdesát procent z celkových nákladů, tedy 35 milionů korun, bylo hrazeno z Evropské unie.

Propojením klasické a vzdělávací expozice se muzeum stává jedinečným na území České republiky.