I když německý bezpečnostní aparát očekával v souvislosti s výročím vzniku československé republiky dne 28. října různé projevy odporu, jejich rozsah i intenzita okupační správu zaskočil. Na mnoha místech Čech a Moravy probíhaly tiché manifestační projevy odporu proti okupaci: lidé zapalovali svíčky u provizorně vyzdobených pomníčků, zpívali státní hymnu, na několika místech došlo v podnicích i ke stávkám.

K největšímu protiokupačnímu vystoupení došlo v tento památný den v hlavním městě. Jeho obyvatelé vyjadřovali touhu po svobodě a hlasitě dávali najevo sympatie bývalému prezidentovi země Edvardu Benešovi. Němci byli nuceni rychle reagovat nasazením značného počtu příslušníků bezpečnostních sil a gestapa. Adolf Hitler v Berlíně požadoval okamžité potlačení těchto projevů odporu všemi možnými prostředky. Při zásahu proti demonstrantům došlo ke střelbě. V Žitné ulici byl zastřelen pekařský dělník Václav Sedláček a řada lidí byla zraněna. Mezi těžce zraněnými byl rovněž student pražské lékařské fakulty Karlovy univerzity Jan Opletal, který 11. listopadu zemřel.

Zpráva o Opletalově smrti vyvolala mezi pražskými studenty hluboké pohnutí. Proto se rozhodli před pohřbem svého kolegy, který se na přání Janových rodičů konal na Moravě, uspořádat manifestační smuteční rozloučení v Praze v areálu budov přírodovědecké a lékařské fakulty na Albertově. Od ranních hodin dne 15. listopadu 1939 byl Albertov zaplněn studenty, kteří původně dodrželi pokyny organizátorů pohřbu: přišli bez smutečních pásek i národních trikolor a zdrželi se všech slovních projevů. Při ukládání rakve do pohřebního vozu začalo několik tisíc účastníků hromadně zpívat národní hymnu „Kde domov můj“. Poté údajně slovenští studenti pokračovali zpěvem další části hymny, v protektorátu zakázané, „Nad Tatrou sa blýska“. Napjatá a vzrušená atmosféra tak postupně přerostla do bouřlivých projevů odporu proti okupaci. Účastnici volali hesla „Chceme svobodu“, „Ať žije Beneš“, „Ať žije Československá republika“, „Němci ven“ a další. Pochodu do středu města se snažila zabránit česká policie. Dále došlo k řadě střetů se zasahujícími bezpečnostními jednotkami německé armády, SS i gestapa.

Další den 16. listopadu se konal v moravském Nákle za účasti čtrnáctičlenné delegace pražských vysokoškoláků pohřeb Jana Opletala. Mezitím byli v dopoledních hodinách stejného dne povoláni do Berlína na poradu mj. říšský protektor Konstantin von Neurath a státní sekretář K. H. Frank. První části zmíněného jednání se zúčastnil rovněž protektorátní vyslanec v Berlíně František Chvalkovský. Hitler zde českému zástupci sdělil své rozhodnutí o okamžitém uzavření českých vysokých škol, a to po dobu tří let, přičemž organizátoři studentských demonstrací měli být zatčeni.

Perzekuce proti českým vysokoškolákům začala fakticky již 16. listopadu večer rozehnáním schůze vedení Národního studentského svazu v Hopfenštokově (dnešní Navrátilově) ulici a zatčením jejích účastníků. Druhý den časně ráno byly brutálně přepadeny pražské Masarykovy, Hlávkovy, Hradčanské koleje, studentská kolonie na Letné, Švehlovy, Nové koleje i Arcibiskupský seminář v Dejvicích a dále menší Benešova kolej u Nové techniky. V souvislosti s tím byly obsazeny i další fakultní budovy a zařízení vysokých škol. Současně byly přepadeny i Kounicovy a Sušilovy koleje v Brně.