Ministr Babiš původně předkládal vládě návrh, aby byl rejstřík více otevřený veřejnosti, následně jej ale změnil a spolu se předsedou vlády Bohuslavem Sobotkou trvají na tom, aby byl rejstřík přístupný pouze pro vybrané úřady. Vedle toho dokonce prosazují utajování skutečných vlastníků i na úrovni EU, kde se vyjednává další novela směrnice o praní špinavých peněz a většina států souhlasí s širší dostupností údajů.

Piráti upozorňují, že jak Babiš, tak Sobotka jednají ve střetu zájmů:

• Babišovi vyhovuje nezveřejňování konečných vlastníků, protože sám tímto způsobem nelegálně čerpal evropské dotace na farmu Čapí hnízdo, na které neměl nárok. Nemusí přitom jít o jediný případ.
   
• Sobotkovi vyhovuje utajení konečných vlastníků, protože není znám skutečný vlastník čínské společnosti CEFC. Ta má od Sobotky a Zemana v ČR protekci, nakupuje zde nemovitosti a firmy a spekuluje se o tom, že ji vlastní čínská rozvědka.

Minimálním požadavkem Pirátů je, aby stát a veřejný sektor dotoval a posílal peníze pouze těm firmám, které mají jasného vlastníka doloženého dokumenty. Tuto podmínku Piráti prosadili např. do usnesení zastupitelstva k nákupu pražského stadionu Ďolíček pro klub Bohemians.

„Jde o jednoznačný důkaz, že Babišovi nejde o potírání korupce, naopak aktivně lobbuje v EU za utajování skutečných vlastníků firem. Veřejný rejstřík oficiálně odmítl s tím, že se projednává v EU novela evropských pravidel. Ale ve stejné době ten samý Babiš u EU předložil pozici vlády ČR, že rejstřík má být neveřejný. V konečném důsledku to znamená, že se kvůli neprůhlednosti vybere méně peněz na daních,“ shrnuje počínání české vlády Jakub Michálek, místopředseda Pirátů.

Proč je utajování konečných vlastníků špatné

1. Veřejnost si nemá jak ověřit, že politici nevyplácí přes kyperské firmy peníze sami sobě. Mohou se dále opakovat kauzy jako je Čapí hnízdo a zakázky mohou být zadávány neprůhledným firmám.
    
2. Bez veřejné kontroly bude zákon ještě hůře vymahatelný, protože úřady budou zjišťovat pravdivost záznamů až po vzniku problému, kdy už bude pozdě.
    
3. Katastr nemovitostí, rejstřík podnikatelů a obchodní rejstřík jsou také veřejné, ačkoliv ty se dotýkají soukromí běžných občanů mnohem více než řetězce firem v rejstříku konečných vlastníků.
    
4. Vůči vlastníkovi společnosti, který je anonymní, nelze vyvodit žádnou odpovědnost, ačkoliv právě tento vlastník společnost fakticky ovládá.
    
5. Neveřejnost rejstříku jde proti doporučení Rady vlády pro boj proti korupci, Nadačního fondu proti korupci, doporučení expertů Vondráčka a Havrdy, autorů knihy Korupce jako parazit a také trendu v boji EU proti praní špinavých peněz.

Pirátská strana dlouhodobě bojuje za otevřený a férový trh, kde je chráněno soukromé vlastnictví, ale kde také vlastníci za svoje jednání nesou plnou odpovědnost. Proto nemohou být anonymní, když jde třeba o miliardové podniky.

Pirátská strana zveřejnila stanovisko Ministerstva financí, podle něhož Česká republika jako jeden z mála států blokuje zavedení veřejných rejstříků na celoevropské úrovni, což má v gesci právě ministr Babiš.