"Na protest proti všemu, co se tady děje. Proti nesvobodě slova a tisku. Říkejte to všem," odpověděl Palach zdravotní sestře v nemocnici, kam byl převezen s těžkými popáleninami, když se ho tázala na důvody jeho činu. Následující tři dny bojoval o život a odmítal utišující léky, aby byl při smyslech a mohl objasňovat, proč se odhodlal k takové oběti. V dopise, který zanechal na místě svého činu, naléhal, aby byly učiněny kroky na záchranu posledních zbytků demokracie.

"Vzhledem k tomu, že se naše národy ocitly na okraji beznaděje, rozhodli jsme se vyjádřit svůj protest a probudit lid této země následujícím způsobem: Naše skupina se skládá z dobrovolníků, kteří jsou odhodláni se dát pro naši věc upálit. Já jsem měl tu čest vylosovat si jednotku...," napsal. V dopise žádal zrušení cenzury a zákaz rozšiřování okupačního tisku. Dodnes není zřejmé, byl-li Palach členem takovéto skupiny. Jeho příkladu ale následovali další lidé, mezi nimi student Jan Zajíc, jenž se upálil na Václavském náměstí 25. února 1969.

Podle historiků nebyl Palachův čin zoufalým zkratovitým jednáním, plánoval jej půl roku. Podle nových zjištění také Palach v lednu 1969 chtěl, aby studenti obsadili rozhlas.

Vzbudil vlnu odporu proti režimu

Absolutní rozměr Palachovy oběti zvedl vlnu odporu, byť jen dočasnou. Bezprostředně po jeho činu začali na Václavském náměstí držet mladí lidé protestní hladovku za splnění jeho požadavků, záhy se k nim připojili další i jinde v zemi. Na Václavském a Staroměstském náměstí se konaly mítinky, na nichž lidé vyjadřovali podporu jeho poselství. Vědecká rada FF UK vyzvala politiky, "aby si uvědomili, na jaké křižovatce stojí". Budoucí normalizátoři ve vedení komunistické strany naopak hovořili o zneužití protestu "antisocialistickými silami".

Jan Palach podlehl následkům rozsáhlých popálenin 19. ledna 1969. Jeho pohřeb v Praze o šest dní později se stal velkou manifestací za svobodu a demokracii. Smutečního průvodu Starým Městem se tehdy zúčastnilo na 200.000 lidí. Už za několik měsíců ale začal komunistický aparát Palachovu památku likvidovat. Jeho hrob na Olšanských hřbitovech střežila Státní bezpečnost se snahou bránit lidem, aby k němu ve výroční dny kladli květiny. Nakonec byly v roce 1974 Palachovy ostatky exhumovány a přemístěny do Všetat u Prahy, kde žila jeho rodina. Na Olšany se urna s jeho popelem vrátila až v roce 1990.