Střednědobou strategii zastřešující NPSE a PZKO zpracovalo MŽP v reakci na dlouhodobé a opakované překračování imisních limitů na území České republiky zejména u prachových částic, přízemního ozónu a benzo(a)pyrenu poškozujících lidské zdraví a životní prostředí a zároveň bude sloužit i jako podklad k čerpání dotací z fondů EU programů v letech 2014–2020 (tedy OPŽP, OPPIK, IROP ad.). Cílem strategie je dosáhnout do roku 2020 na celém území ČR imisních limitů stanovených zákonem o ochraně ovzduší a současně udržovat a zlepšovat kvalitu ovzduší v oblastech, kde jsou současné koncentrace znečišťujících látek pod hodnotami imisních limitů.

Kvalita ovzduší v ČR v posledních letech stagnuje a velká část obyvatel stále žije v regionech s překračovanými imisními limity. Zhruba třetina obyvatel ČR žije v oblastech s překročenými imisními limity pro prachové částice PM10a dvě třetiny obyvatel jsou vystaveny nadlimitním koncentracím karcinogenního benzo(a)pyrenu. Největším producentem škodlivých látek ohrožujících lidské zdraví jsou lokální topeniště v domácnostech, které produkují téměř 90 % veškerých emisí benzo(a)pyrenu a přibližně 41 % suspendovaných částic PM10. Střednědobá strategie zlepšení kvality ovzduší v ČR do r. 2020 je plán, který obsahuje mnoho nových opatření, s ambicí změnit neuspokojivý a zdraví ohrožující stav k lepšímu.

Strategie zastřešuje základní koncepční dokumenty v oblasti ochrany ovzduší jak na národní úrovni (Národní program snížení emisí ČR), tak na regionální úrovni (Programy zlepšování kvality ovzduší v 7 zónách a 3 aglomeracích ČR). Jejich vypracování ukládá Ministerstvu životního prostředí zákon o ochraně ovzduší a jsou vzájemně provázané. Strategie je připravena pro období do roku 2020 a zahrnuje i výhled až do roku 2030. NPSE sleduje splnění národních závazků snížení emisí a obsahuje opatření ke zlepšení kvality ovzduší na národní úrovni. PZKO vycházejí z rozsáhlé rozptylové studie pořízené v rámci střednědobé strategie a obsahují konkrétní opatření pro řadu orgánů státní správy i samosprávy za účelem dosáhnout zákonem stanovených imisních limitů v jednotlivých regionech.

Strategie zahrnuje opatření v sektorech energetiky, průmyslu, dopravy, zemědělství, domácností ad. Národní program snižování emisí obsahuje 23 prioritních opatření ke snížení emisí a ke zlepšení kvality ovzduší, která jsou uložena k plnění jednotlivým ústředním orgánům státní správy. 15 z nich cílí na sektor dopravy, 3 na oblast průmyslu, 2 do zemědělství a 3 do sektoru domácností. Z oblasti dopravy materiál jmenuje např. opatření vedoucí ke zrychlení obměny zastaralého vozového parku a k podpoře nákupu vozidel s alternativním pohonem, včetně podpory výstavby plnicí a dobíjecí infrastruktury pro ně, zavádění nízkoemisních zón, nebo podporu výstavby a rekonstrukce železničních tratí, ale i výstavbu obchvatů měst a obcí. Strategie identifikovala jako velmi významné opatření ke zlepšení kvality ovzduší v ČR výměnu neekologických kotlů na pevná paliva v domácnostech z dotací OPŽP za nízkoemisní zdroje a za tepelná čerpadla a zvyšování energetické účinnosti a snižování spotřeby energií, např. zateplováním budov, účinnějšími spotřebiči apod. K velkému snížení emisí v příštích 6 letech přispějí i vyspělé technologie, které vyžaduje EU legislativa, a to u velkých energetických zdrojů.

V oblasti průmyslu strategie obsahuje emisní stropy pro skupiny stacionárních zdrojů a vymezená území krajů a v operačních programech ukládá dávat prioritu realizaci opatření, která přispějí ke snížení emisí a zlepšení kvality ovzduší. Z oblasti zemědělství jsou v materiálu navrhována opatření k omezování měrných emisí amoniaku ze živočišné výroby či k plošnému omezování emisí amoniaku a oxidů dusíku z aplikace minerálních hnojiv.

NPSE pracuje s různými scénáři budoucího vývoje a stanovuje k roku 2020 maximální množství emisí SO2, oxidů dusíku, těkavých organických látek, amoniaku a jemných prachových částic PM2,5, i emisní stropy pro jednotlivé sektory hospodářství. Střednědobá strategie spolu s NPSE zahrnuje i finanční analýzu s ekonomickými dopady aplikace jednotlivých opatření. Celkové investiční náklady na realizaci strategie jsou odhadovány přibližně na 650 mld. Kč. Finančními zdroji budou nejen soukromé investice, ale významnou měrou i různé dotační zdroje: státní rozpočet, územní rozpočty (kraje, obce), ale zejména jednotlivé operační programy dotčených resortů a také národní dotační tituly. V případě MŽP se jedná o financování z OPŽP 2014–2020 nebo z prodeje emisních povolenek (Nová zelená úsporám).