Výnos majetkových daní ovlivňuje zejména zákonem stanovená výše sazby daně a míra osvobození od daně. S nízkými sazbami daně zejména u daně z nemovitých věcí následně souvisí i počet tzv. bagatelních nedoplatků do 5 000 korun.

Vymáhání všech daňových nedoplatků probíhá v souladu s příslušnými právními předpisy a Finanční správa na dlužníky s bagatelními nedoplatky v žádném případě nerezignuje. Nicméně ekonomická realita si vynutila zaměření značné kapacity pracovníků Finanční správy na vymáhání velkých strategických nedoplatků, generovaných nekalými obchodními praktikami, karuselovými obchody na DPH, či „běžnými daňovými podvody“. Právě tyto vysoké nedoplatky tvoří drtivou většinu z celkových daňových nedoplatků. Finanční správa usiluje rovněž o preventivní zamezování vzniku velkých daňových nedoplatků, například pomocí kontrolně exekučních akcí a zajišťovacích příkazů. Je proto třeba toto všechno při hodnocení efektivity ve vztahu k majetkovým daním zohlednit a uvědomit si omezené limity počtu pracovníků vymáhání a také to, že vymáhání malých nedoplatků se řídí stejnými zákonnými postupy jako u nedoplatků velkých, tedy že pracností se prakticky neliší.

V tiskové zprávě je uvedena nepřesná informace o skladbě nedoplatků na těchto daních, které na konci roku 2014 dosáhly souhrnně za všechny majetkové daně sice celkově 3,4 miliardy korun, největší podíl na nich (2,3 miliardy korun) však činí daň z převodu nemovitostí a jedná se o kumulované nedoplatky od roku 1993, tj. za celou dobu existence této daně. Nedoplatky na dani z nabytí nemovitých věcí činily na konci roku 2014 pouze částku 148 mil. korun.

Finanční správa České republiky v zájmu zvýšení výnosu a efektivity majetkových daní postupně zavádí a využívá rozličné kontrolní mechanizmy zejména ve spolupráci s Českým úřadem zeměměřičským a katastrálním. Základními nástroji pro kontrolu daňových povinností daňových subjektů jsou automatizované kontroly přiznání na dani z nemovitých věcí a avíza o uskutečněných převodech a přechodech nemovitých věcí podléhajících dani z převodu nemovitostí a dani z nabytí nemovitých věcí. Jsou tak plnohodnotně využívána data katastru poskytovaná ČÚZK.