Náhrady újmy byly dosud vypláceny všem vlastníkům či nájemcům zemědělské půdy, lesních pozemků nebo rybníků s chovem ryb či vodní drůbeže za ztížení hospodaření ve vybraných lokalitách, jako je například CHKO, soustava území NATURA 2000, národní přírodní rezervace a další malá chráněná území. Důvodem omezení byla a stále je ochrana přírody. Tak zvanou újmu proto přiznává a vyplácí ze státního rozpočtu Agentura ochrany přírody a krajiny ČR.

Novela, kterou v únoru 2016 projednala Vláda ČR a nyní má být předložena poslancům Parlamentu ČR, přináší zásadní změnu. Státní podniky by měly na rozdíl od jiných hospodářů o vyplácené náhrady přijít. Důvod změny je přitom nejasný. „Lesy České republiky jsou právnickou osobou. Podnikají na vlastní odpovědnost, platí daně a odvádějí ze zisku desítky miliard korun do státního rozpočtu. Za poslední tři roky to bylo například 20,7 miliard korun. Proč tedy mají být znevýhodněny a posuzovány jinak než ostatní vlastníci lesů? Tomu se bráníme. Jde o princip, který zajišťuje nezbytnou vyváženost mezi požadavky ochrany přírody a standardním hospodařením. Ustoupením od praxe uplatňování náhrad bychom postupovali v rozporu se Zákonem o lesích i známou judikaturou. Mrzí mě, že se zástupci Ministerstva životního prostředí uchylují k nekorektní a zavádějící propagandě, kdy matou veřejnost,“ uvedl generální ředitel státního podniku Lesy ČR Daniel Szórád. „Státní lesnické společnosti jsou vystaveny stejným tržním principům i regulacím jako soukromí vlastnící a správci. Plánovaná změna nás tak postaví do nerovného zákonného i tržního postavení. S tím nemůžeme souhlasit a žádáme poslance o přezkoumání celé záležitosti,“ vyjádřil své stanovisko výrobně-technický ředitel Lesů ČR Václav Lidický.

Podnik mimo jiné ochranu přírody podporuje i tím, že opakovaně daruje na roční činnost Českého svazu ochránců přírody a Sdružení mladých ochránců přírody dva miliony korun. Lesy ČR se také aktivně podílejí na spolupráci v mapování vzácných druhů ptáků a velkých šelem, jsou spoluzakladateli Lesnického parku Křivoklátsko a ve spolupráci s Vojenskými lesy a statky také Lesnického parku Bezděz, které slouží  jako příkladné ukázky udržitelného hospodaření v lesích a v krajině. I nadále pokračuje spolupráce s Agenturou ochrany přírody a krajiny ČR ve vymezování bezzásahových území.

Pokud bude novela přijata, v lesích se postupně rozšíří omezení těžby, což může vést až ke snížené dostupnosti dříví coby jednoho z mála obnovitelných zdrojů suroviny i energie.

Státní podnik Lesy ČR za posledních pět let uplatnil náhradu újmy ve výši 72,5 milionů korun. Plocha pozemků se ztíženým hospodařením představuje u Lesů ČR 600 tisíc hektarů, tedy 45 procent celkové výměry spravovaných státních lesů.