Po tzv. Akci K, při které byly komunistickou mocí zrušeny všechny mužské a ženské kláštery v tehdejším Československu, byla v každém kraji určena centrální knihovna, která měla fondy těchto klášterů převzít do správy. V průběhu let 1950 a 1951 takto Universitní knihovna (dnešní MZK) převzala do správy knihovny rajhradských benediktinů, brněnských minoritů, kapucínů a augustiniánů, premonstrátů v Nové Říši, františkánů v Moravské Třebové a Dačicích, křižovnickou knihovnu u sv. Hypolita v Hradišti u Znojma, mikulovských piaristů, jihlavských minoritů, brněnského alumnátu a znojemských kapucínů a dominikánů. Péčí o tyto fondy byl pověřen JUDr. Vladislav Dokoupil, díky němuž byly knihovny uchovány jako kompaktní celky a nebyly rozptýleny do běžného fondu. Pokud to bylo možné, nadále zůstaly uložené v původních interiérech. V případě knihovny znojemských dominikánů to však možné nebylo, na dramatické okolnosti přesunu knihovny v lednu roku 1951 později vzpomínal V. Dokoupil takto: „Nový uživatel kláštera nařídil knihovnu do dvou dnů vyklidit pod pohrůžkou svémocného vyklizení. Neměli jsme tehdy ještě přidělen žádný depozitář, byli jsme tedy nuceni pro naprostý nedostatek místa knihovnu během několika hodin protřídit...novější náboženské nebo domněle méně hodnotné knihy jsme uložili naprosto nevhodně ve staré garáži ve Znojmě, ostatní jsme odváželi ve vánici do Brna…“Jádro knihovny se tak dostalo do Universitní knihovny, části (včetně té v garáži) byly nabídnuty jiným knihovnám a ústavům. Fond knihovny byl posléze uspořádán a katalogizován.

Po roce 1989 byly postupně klášterní knihovny navraceny původním majitelům – jednotlivým církevním řádům. Dominikánská knihovna byla vrácena v roce 2004, v roce 2011 byl v rámci projektu financovaném ministerstvem kultury její fond zpřístupněn v elektronickém katalogu MZK. Badatelé tak snadno mohli v titulech vyhledávat, pro vlastní studium konkrétních svazků pak ale museli do Znojma. V roce 2018 dominikánský řád oslovil MZK s dotazem na možnost převzít historickou knihovnu zpět do správy, důvodem bylo zejména zlepšení badatelské přístupnosti fondu uložením knihovny přímo v Brně.

Fond knihovny dominikánského kláštera ve Znojmě obsahuje 60 prvotisků, mezi nimi i latinsky psaný spis Tomáše Akvinského Super quatro libro Sententiarumz roku 1481 s původní gotickou vazbou, dřevěnými deskami s hovězinou a vykrajovanými ornamenty, vytištěný v Benátkách. Jedná se o tzv. „liber catenatus“, jelikož k deskám je připevněn řetěz, kterým byla kniha připoutána k čtecímu pultu, tedy zabezpečena proti krádeži. Zbytek fondu pak tvoří staré tisky ze 16. až 18. století původem z německých zemí, ale i ze Španělska, Itálie a Francie. Nechybí ani tisky české provenience. Převažují knihy teologické, kanonické, bible či knihy kázání, ale zastoupeny jsou i historické, právnické, filozofické, filologické, lékařské knihy či spisy o astronomii nebo alchymii. Na vazbách knih lze ilustrovat i hospodářský vývoj kláštera; z počátku 18. století, kdy se klášteru vedlo dobře, tak například pocházejí nové kožené vazby knih se zlaceným tzv. supralibros (knižní značky vně knihy) s motivem psa ležícího pod baldachýnem v tlamě s hořící pochodní, který ilustruje slovní hříčku „domini canes – psi Páně“.

Knihovna kláštera sester sv. Voršily, která byla do depozitáře MZK převezena již v průběhu června, ve správě Universitní knihovny nikdy nebyla. V knihovně se nachází cca 4 200 svazků knih převážně z 19. a první poloviny 20. století, jsou zde ale i knihy výrazně starší, které tvořily jádro voršilské knihovny a dostaly se do ní spolu s prvními sestrami v závěru 18. století při založení kláštera. Fond byl MZK do správy předán opět s ohledem na badatelskou dostupnost a také jeho bezpečné uložení. V současné době probíhají základní soupisové práce, v budoucnu bude i tento fond přístupný v elektronickém katalogu MZK ZDE a v portálu ZDE.