U Českých drah kontroloři například prověřovali, jestli podnik požadoval kompenzace ztrát z provozování vlakových linek ve správné výši. Největší problém vidí NKÚ v tom, že Ministerstvo dopravy dosud neotevřelo trh pro další dopravce. Podle plánu vlády z roku 2011 přitom mělo jen do konce roku 2015 vysoutěžit čtvrtinu všech dotovaných celostátních linek.

Otevírání trhu bránily především opakující se problémy mezi Českými drahami a dalšími potenciálními dopravci, které mělo ministerstvo vyřešit už minimálně v roce 2011. Jednalo se především o to, jak vyřešit užívání nádraží Českých drah ostatními dopravci. Resort nerozhodl ani o tom, jestli a případně za jakých pravidel by se mělo sjednotit vzájemné uznávání jízdenek mezi přepravními společnostmi. Tyto problémy představují jedny z podstatných důvodů, kvůli kterým ministerstvo nezadalo ani jednu vlakovou linku v otevřené soutěži.

Ministerstvo tak nadále přispívalo pouze Českým drahám jako jedinému dotovanému dopravci na vlakové linky. V roce 2010 dostával podnik za jeden ujetý kilometr 105 korun, v roce 2014 se cena zvýšila o téměř jednu pětinu na 125 korun. Počet ujetých kilometrů, které najely vlaky Českých drah, klesl oproti roku 2010 o více než 12 procent. Celkem dostal podnik v roce 2014 na dotacích 13,4 miliardy korun, z toho 4,2 miliardy od Ministerstva dopravy na celostátní linky a devět miliard od krajů na regionální vlakové linky. I přesto byly České dráhy v letech 2010 až 2013 ve ztrátě z provozování osobních vlaků kolem jedné miliardy korun. V roce 2014 byla tato ztráta zhruba půl miliardy korun.

Přestože dotace na kompenzaci ztrát z provozu vlakových linek se pohybují v řádech miliard korun, Ministerstvo dopravy v roce 2010 až 2015 nekontrolovalo, jestli kompenzace požadované Českými drahami odpovídají skutečným ztrátám. V roce 2014 ministerstvo jednu takto zaměřenou kontrolu sice zahájilo, ale do doby ukončení kontroly NKÚ ji nedokončilo a ani neuvedlo termín, kdy budou známy její výsledky.

Podle NKÚ by otevření trhu snížilo množství peněz, které by stát vyplácel dopravcům v rámci kompenzací ztrát z provozu vlakových linek.