MŠMT uvádí na pravou míru některé zavádějící informace, které zveřejnil dne 11. 1. 2016 časopis Týden ve svém článku "Ministři zahodili miliardy" . Dle zmíněného článku má Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy nevyčerpáno 22 % prostředků, tedy 15 miliard Kč. Skutečnost je taková, že z aktuální alokace spravované MŠMT, tj. alokace Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost (OP VK) a Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace (OP VaVpI), v tuto chvíli sice opravdu zbývá certifikovat ještě přibližně 15 miliard Kč , tato částka však nepředstavuje Týdnem zmiňovaných 22 % alokace, nýbrž přibližně 15 %.

Proces tzv. certifikace výdajů u končícího období však ještě zdaleka není ukončen. Projekty z končícího programového období sice ukončily svou realizaci nejpozději k 31. 12. 2015, v současné chvíli však probíhá kontrola předložených závěrečných monitorovacích zpráv, včetně vynaložených výdajů. Teprve po kontrole těchto výdajů ze strany MŠMT a následně také MF (tedy po provedení poslední tzv. certifikace) bude možné vystavit konečný účet a  říci, kolik prostředků zůstane nevyčerpáno.

Čerpání operačních programů tedy prozatím není ukončeno a Evropské komisi budou poslední průběžné žádosti o platbu předloženy až ve třetím čtvrtletí letošního roku.

Odhad finálního nedočerpání za oba operační programy se v tuto chvíli pohybuje ve výši cca 4 mld. Kč, ze zmiňovaných 15 mld. Kč tedy bude přibližně 11 mld. Kč ještě certifikováno (tj. považováno za vyčerpané) a nedočerpání obou programů v gesci MŠMT se tak bude pohybovat kolem 3,7 % přidělené alokace.