Více než polovinu částky citované NKÚ tvoří nevykázané podmíněné závazky na podrozvahových účtech. Ministerstvo spravedlnosti uvádí, že byť se jedná o hodnotově zdánlivě významné pochybení, je ve svém důsledku pouze objektivně formálním účetním pochybením způsobeným jinou metodikou účtování.

Dalším pochybením dle NKÚ je zvolený způsob odpisování dlouhodobého majetku, který byl použit v souvislosti se zavedením účetní reformy v roce 2010. Ministerstvo spravedlnosti v té době zvolilo pro tzv. dopočet oprávek zjednodušený způsob odpisování. Dle závěrů NKÚ byl tento postup v rozporu českými účetními standardy.

Nedostatky zjištěné NKÚ při účtování o transferech byly způsobeny změnou metodiky účtování, kdy končilo programové období pro čerpání peněz z fondů EU, kterou ministerstvo v roce 2015 neaplikovalo.

Ministerstvo spravedlnosti se neztotožňuje ani s názorem NKÚ ohledně způsobu poskytnutí dobrovolného příspěvku do zahraničí. V tomto případě se jednalo o příspěvek poskytnutý Evropskému soudu pro lidská práva. Tento příspěvek byl poskytnut z legitimních důvodů, a to zejména z důvodu nezpochybnitelné důležitosti ochrany lidských práv a svobod a za účelem podpory jejich ochrany a důsledného vymáhání. Ministerstvo se domnívá, že použitým způsobem jeho poskytnutí rozpočtová pravidla porušena nebyla.

K nápravě nedostatků zjištěných NKÚ přijalo ministerstvo spravedlnosti opatření v oblasti metodického řízení účetnictví a úpravy vnitřních norem. Zjištěné nedostatky budou napraveny v rámci účetní závěrky za rok 2016.

Závěrem lze znovu shrnout, že v převážné většině zjištění se jedná pouze o formální účetní pochybení.