NKÚ mj. ve svých závěrech opomíjí změny v legislativě a zamlčuje v tiskové zprávě i to, že závěry nekonstatují jakékoliv porušení předpisů nebo nehospodárné využití finančních prostředků.

Za paradoxní považuje MZe výtku NKÚ k nižším investicím do protipovodňových opatření oproti původním plánům. Je třeba uvést, že se při realizaci protipovodňových opatření díky transparentnímu zadávání veřejných zakázek podařilo snížit náklady připravovaných staveb o více než 35 %. Úspory v řádu stovek milionů jsou tedy ze strany NKÚ prezentovány jako nedostatek.

NKÚ také vztahuje nízké čerpání finančních prostředků k předpokladům z roku 2010 a pomíjí jejich aktualizace v navazujících strategických dokumentech následujících let, které jsou stanoveny na základě reálnějších výchozích informací. Jde např. o upřesnění předpokládaného seznamu realizovatelných opatření, zpracované vyšší stupně projektových dokumentací s upřesněním rozpočtových nákladů nebo zpřesnění požadavků na výkupy nemovitostí dotčených výstavbou protipovodňového opatření.

Nižší čerpání finančních prostředků státního rozpočtu způsobily zejména vnější objektivní příčiny. Do časového plánu realizace staveb na ochranu před povodněmi významně zasáhly zdlouhavá povolovací řízení, četné legislativní změny ovlivňující přípravu i výstavbu opatření (např. novela zákona o veřejných zakázkách, nový občanský zákoník atd.) a také samotné majetkoprávní vypořádání.

Tisková zpráva NKÚ neuvádí důležitý závěr, že kontrolou prověřených projektů zaměřených na ochranu před povodněmi NKÚ nezjistilo porušení právních předpisů ani neúčelné a nehospodárné použití peněžních prostředků. Většina technických protipovodňových opatření, která jsou financována z programů MZe, vycházejí ze schválených Plánů pro zvládání povodňových rizik. Vedle hrází a úprav koryt jsou realizována také technická opatření s retencí, suché nádrže, poldry či vodní nádrže s retenčními prostory.

Stanovování záplavových území ani povolování staveb v jejich aktivních zónách, které NKÚ ve svých závěrech také zmiňuje, není v gesci MZe.