Vyplývá to z kontroly NKÚ, která zjišťovala, zda peněžní prostředky státního rozpočtu a Evropské unie vynakládané v letech 2014 až 2021 z operačního programu „Životní prostředí 2014–2020“, z dotačních programů MZe a z „Národního programu Životní prostředí“ byly využity účelně, hospodárně a efektivně. Kromě MZe a MŽP byl prověřen také Státní fond životního prostředí (SFŽP) a 10 projektů u konkrétních příjemců dotace, tedy u měst, obcí a svazku obcí.

Z dotací v celkové výši 30,1 mld. Kč má být do konce roku 2025 podpořeno celkem 1 360 projektů. Díky nim má vzniknout 4 628 km nové kanalizace a dojít k technickému zhodnocení infrastruktury spočívajícímu např. ve výstavbě či modernizaci čistíren odpadních vod. Na kanalizaci se má nově připojit celkem 399 650 obyvatel měst a obcí v ČR. Podle výsledku kontroly NKÚ bylo do 31. prosince 2022 ukončeno 657 projektů (tedy 48,3 % z plánu) a vyplaceno 24,1 mld. Kč, což je více než 80 % schválených finančních prostředků.

V dubnu 2020 předložilo MZe Ministerstvu financí informaci o plnění podprogramu zaměřeného na podporu budování kanalizací v obcích do 1 000 obyvatel. Vyplývá z ní, že záměr vybudovat od listopadu 2012 do poloviny června 2018 celkem 536 km kanalizačních stok byl o 220 km překročen a na zlepšené čištění odpadních vod se nově připojilo 78 550 obyvatel, což je 154 % původního plánu. Průměrná cena 4,3 mil. Kč za jeden kilometr kanalizace odpovídala metodice MZe, která stanovuje měrné náklady nově budovaných kanalizačních stok.

Podle NKÚ obě kontrolovaná ministerstva i SFŽP nastavily pravidla čerpání dotací na výstavbu kanalizačních stok tak, že vytvořily předpoklady pro jejich účelné, hospodárné a efektivní vynakládání. U kontrolovaných projektů neidentifikoval NKÚ žádné peněžní prostředky, které by byly vynaloženy neúčelně, nehospodárně či neefektivně.