Týkaly se například zvyšování personálních výdajů kvůli růstu průměrných platů, nečerpání peněz na investice, plánování rozpočtu nebo poskytnutí bezúplatného ubytování na několik let. V GIBS také nefungoval správně vnitřní kontrolní systém.

GIBS je samostatný ozbrojený bezpečnostní sbor, organizační složka státu a samostatná kapitola státního rozpočtu. Vznikla v roce 2012. Od roku 2017 výrazně narůstaly její výdaje oproti předchozím letům. V roce 2020 se zvýšily na zhruba 448 milionů korun. To je nárůst přes 60 % ve srovnání s tím, jaký byl předpoklad při vzniku GIBS. Za tímto nárůstem stály především personální výdaje. GIBS totiž v roce 2017 požádala vládu o navýšení počtu systemizovaných míst a také si nechala v kontrolovaných letech několikrát navýšit prostředky na platy. GIBS tak chtěla zlepšit svou konkurenceschopnost na trhu práce, stabilizovat počet zaměstnanců a předpokládala také větší objem práce.

Již od roku 2017 patří GIBS mezi instituce s nejvyšším průměrným platem ve veřejném sektoru. Přesto GIBS nová systemizovaná místa neobsadila, objem činnosti také nezvýšila a nepodařilo se jí ani zabránit vysoké fluktuaci příslušníků sboru. V roce 2020 zaplatila GIBS jen na výsluhách 42 milionů korun, což bylo o 211 % více než v roce 2017. Celkový objem vyplacených výsluh bude mít dopad na rozpočet GIBS i v následujících letech. Část peněz určených pro nová pracovní místa, která se nepodařilo obsadit, rozdělila GIBS na odměnách. Stávajícím příslušníkům i zaměstnancům GIBS se tak zvýšily odměny v roce 2017 oproti roku 2016 o 102 %.

V kontrolovaných letech GIBS nevyčerpala peníze určené na investice do oblastí, jako jsou informační technologie, nová vozidla nebo rekonstrukce nemovitostí. Sama GIBS přitom požadovala od vlády zvýšení peněz na investice kvůli tomu, že nemá na svou činnost dostatečné technické vybavení. Z ukončeného investičního programu ale vyčerpala jen 54 % a z dalšího, který má skončit v roce 2022, jen 18 %. Peníze se GIBS nedaří vyčerpat i kvůli tomu, že nemá jednoznačně definované věcné, časové ani finanční potřeby. Není pak schopna jednotlivé investiční akce dostatečně připravit. Například místo plánovaných 60 služebních vozidel jich nakoupila jen 28 a navíc za jednotkovou cenu o 49 % vyšší, než původně plánovala.

Chyby zjistila kontrola i ve využívání nemovitostí GIBS. Například svému příslušníkovi poskytla v rámci cestovních náhrad bezúplatně ubytování od roku 2013 na 8 let a následně dohodu o ubytování prodloužila až do roku 2026. Kontroloři také zjistili, že GIBS nerozpočtovala nedaňové a kapitálové příjmy a převáděla nevyčerpané prostředky na položky, které nečerpá nebo s jejichž čerpáním ani nepočítá. Na podobné nedostatky upozornila v roce 2018 i veřejnosprávní kontrola Ministerstva financí.

Vnitřní kontrolní systém GIBS nefungoval zcela správně, neboť neodhalil tyto opakované nedostatky. Navíc se ukázalo, že nápravná opatření, která měla chyby odstranit, nemají dostatečný efekt.