Za těchto pět systémů zaplatilo MD přes 1,2 miliardy korun. Podle kontrolorů ministerstvo nemá pro tvorbu svých informačních systémů dlouhodobou strategii a jeho koncepce je zpracovaná jen formálně. To byl také jeden z důvodů průtahů při vzniku nového Centrálního registru vozidel a dvou registrů, které měly být propojeny se systémy dalších zemí EU. Právě kvůli pozdnímu propojení registrů podala Evropská komise na Českou republiku dvě žaloby a v jednom případě jí stále hrozí postih. Kontrola odhalila také podezření na porušení rozpočtové kázně za více než 425 milionů korun.

Kontroloři prověřili i sedm veřejných zakázek za celkem 392 milionů korun. MD je zadalo v jednacím řízení bez uveřejnění (JŘBU), i když k tomu nemělo podle zákona důvod. Fakt, že ministerstvo tyto zakázky zadalo v JŘBU, mohl negativně ovlivnit výběr nejvhodnějšího dodavatele. MD také uzavřelo nevýhodnou smlouvu na rozvoj a poskytování IT služeb. Ministerstvo téměř dva roky platilo za služby každý měsíc paušální platbu, i když podle smlouvy měl dodavatel poskytnout služby až na vyžádání resortu. Ministerstvo tak za 21 měsíců zaplatilo přes 85 milionů korun, i když vyčerpalo služby jen za více než 52 milionů korun. Podle kontrolorů tak zaplatilo v letech 2010 až 2011 přes 33 milionů korun zbytečně.

Kontroloři se zaměřili i na vznik a spuštění registrů spravovaných MD. Nekoncepční přístup MD a způsob zadání způsobily zpoždění při vzniku nového Centrálního registru vozidel. I když MD vědělo už od roku 2008, že bude muset převést registr z Ministerstva vnitra, zadalo jeho vývoj teprve půl roku před termínem spuštění v roce 2012. Vývoj registru vozidel podřadilo pod stávající smlouvu na IT služby. Kvůli tomu nemohlo MD dobře nastavit smluvní podmínky. MD také neanalyzovalo včas kvalitu a stav dat v registru. Po spuštění nového registru proto zůstalo 800 tisíc nekompatibilních záznamů. Nový registr spustilo MD se zpožděním a i pak se potýkal s řadou problémů. MD ho přesto převzalo od dodavatele bez výhrad. Vývoj registru vozidel přitom stál přes 37 milionů korun.

Se zpožděním se potýkaly také další systémy, Centrální registr řidičů a Rejstřík podnikatelů v silniční dopravě. Ty mají být podle evropských předpisů propojené se systémy dalších zemí EU. MD to ale nezajistilo, takže Evropská komise podala na ČR po několika výzvách žaloby. Po ukončení kontroly Komise žalobu kvůli rejstříku podnikatelů stáhla. Stále ale hrozí sankce kvůli registru řidičů. Propojení registrů řidičů má zamezit tomu, aby lidé, kteří přišli o řidičský průkaz v jedné zemi, ho získali v jiné členské zemi EU.