MŽP zabezpečuje a řídí „Jednotný informační systém o životním prostředí“ (JISŽP). Ten má pořizovat, spravovat a hodnotit data a poskytovat informace z oblasti životního prostředí. Podle NKÚ je ale tento systém dosud pouze teoretickým konceptem, protože v současné době resort využívá 125 samostatných informačních systémů a databází, které nejsou vzájemně provázány ani integrovány. Tento stav vede mimo jiné k tomu, že stejná data jsou ukládána duplicitně hned v několika systémech a databázích. Tím se zvyšuje potřeba jejich úložné kapacity, což vede k vyšším provozním nákladům.

Odbornou podporu rozvoje a provozu JISŽP měla zajišťovat Rada pro rozvoj JISŽP, kterou založilo MŽP. Ta se ale v letech 2010 až 2012 vůbec nesešla a v období, kdy se scházela, neprojednala ani zmíněnou duplicitu ukládaných dat, ani například problematický projekt SIRIUS. Ten měl nahradit několik dílčích informačních systémů a databází. V rámci projektu SIRIUS mělo vzniknout jediné přístupové místo pro vstup dat i jediné místo, jehož prostřednictvím by státní správa mohla z těchto dat čerpat.

Projekt od svého spuštění v roce 2010 nabral zpoždění a až do roku 2013 se nepodařilo vysoutěžit hlavního dodavatele. Nakonec vedení MŽP projekt zrušilo s tím, že cíle projektu nebyly naplněny. Do té doby už ale CENIA, která za projekt odpovídala, za jeho přípravu zaplatila 21 milionů korun. Z toho víc než 12 milionů bylo z evropských dotací, které pak CENIA musela koncem roku 2013 vrátit. Vzhledem k tomu, že CENIA nezachovala ani dílčí výstupy projektu, aby je mohla v případě potřeby v budoucnu využít, hodnotí NKÚ investici 21 milionů korun do projektu SIRIUS jako neúčelnou a nehospodárnou.

Kontroloři odhalili i další nedostatky – ať už jde o nekompatibilitu dvou databází, jejíž vyřešení by vyšlo na 1,3 milionu korun, absenci studií proveditelnosti, díky nimž by MŽP mělo jistotu, že skutečně zvolilo nejhospodárnější možné řešení, či fakt, že ministerstvo vůbec nesleduje, jak jsou informační systémy vlastně využívány koncovými klienty. U některých systémů je ministerstvo navíc stále závislé na jediném dodavateli.