K tomu ale podle zjištění kontrolorů nedošlo. Ministerstvo životního prostředí (MŽP) navíc nastavilo limit orientačních investičních nákladů příliš vysoko, což umožnilo výstavbu nadstandardně nákladných projektů.

NKÚ kontroloval systém přidělování dotací z OPŽP na vzorku 28 projektů. Návštěvnická střediska předpokládanou vzdělávací a osvětovou funkci plní. Jejich přínos k ochraně přírody je ale neprokazatelný. MŽP totiž nesleduje a nedostatečně vyhodnocuje plnění očekávaných přínosů staveb. Nepotvrdily se ani předpoklady MŽP, že dojde k pozitivním změnám v chování návštěvníků. V některých lokalitách dokonce počet přestupků v chráněných územích stoupá.

Problémy zjistil NKÚ už ve fázi výběru projektů k podpoře. Ačkoliv MŽP zavedlo systém bodového hodnocení, nenastavilo v něm jednoznačná kritéria tak, aby byla skutečně vypovídající. Kritéria byla nastavená pouze v obecné rovině, bez konkrétní specifikace. MŽP v hodnocení nezohlednilo atraktivnost, velikost ani návštěvnost zvláště chráněných území. Do hodnocení se nepromítla ani vzdálenost budoucích středisek od obdobných zařízení.

Například projekt „Environmentální návštěvnické, informační a vzdělávací centrum (Natura Park)“ v Pardubicích nesplňoval podmínku ekologického kritéria, Státní fond životního prostředí (SFŽP) ho přesto doporučil k podpoře a MŽP ho nevyřadilo z dalšího procesu rozhodování. MŽP tak nerespektovalo vlastní pravidla, čímž vytvořilo nerovné podmínky pro žadatele o dotaci.

MŽP navíc výrazně nadhodnotilo finanční limit, který se používal pro hodnocení hospodárnosti projektů. Dále oproti předchozímu programovému období navýšilo hranici investičních nákladů na uvedené projekty tak, že převyšovala inflaci i oficiální údaje o nárůstu cen ve stavebnictví.

NKÚ posuzoval také udržitelnost a financování provozu návštěvnických středisek. Zajištění provozu středisek podporuje MŽP prostřednictvím národního programu. Příspěvek kryje jen průměrně 20 % celkových nákladů na provoz. Zbytek provozovatelé získávají z jiných zdrojů (příspěvky, granty, příjmy ze vstupného atd.). Podle NKÚ existuje riziko pro udržitelnost projektů, protože jsou závislé na poskytování státních dotací.