NKÚ odhalil řadu pochybení: některé ukazatele, které slouží k posouzení úrovně plnění cílů programů MŽP a OPŽP, nebudou splněny; u národního dotačního Programu péče o krajinu (PPK) ministerstvo nestanovilo žádná kritéria pro jeho hodnocení a nesledovalo tak přínosy vynaložených prostředků; MŽP nepodalo ani jeden návrh na zápis předkupního práva státu do katastru nemovitostí, v důsledku čehož dochází k převodům přírodně cenných pozemků bez uplatnění přednostní nabídky státu. Kontrola ukázala i na pochybení při zadávání veřejných zakázek. Některé nedostatky vyhodnotil NKÚ jako skutečnosti nasvědčující porušení rozpočtové kázně.

Cíle programů MŽP a operačního programu Životní prostředí 2014–2020 nebudou splněny v plném rozsahu. K posouzení úrovně plnění cílů OPŽP slouží mj. tzv. výstupové indikátory, které si samo ministerstvo stanovilo. Ze sedmi těchto indikátorů nebudou splněny čtyři. Tři z nich vykazovaly na konci roku 2021 plnění pod úrovní 10 % cílové hodnoty. Nesplní se tak např. předpokládaný počet opatření k omezení nepůvodních druhů, opatření pro podporu druhů a stanovišť a opatření k předcházení, minimalizaci a nápravě škod působených zvláště chráněnými druhy. U národního programu „Podpora obnovy přirozených funkcí krajiny – od r. 2019“ nebude splněno šest z osmi cílových hodnot, tedy 75 % sledovaných indikátorů.

Dalším ze zjištění kontrolorů NKÚ je fakt, že MŽP nepodalo žádný návrh na zápis předkupního práva státu do katastru nemovitostí, čímž nepostupovalo dle zákona o ochraně přírody a krajiny. V důsledku takového jednání dochází k převodům přírodně cenných pozemků bez uplatnění přednostní nabídky státu. Na tuto skutečnost upozornil NKÚ již při kontrole v roce 2018.

V kontrolovaném období let 2019–2021 obdrželo MŽP v rámci předkupního práva státu sedm nabídek ke koupi pozemků nacházejících se v národních přírodních rezervacích nebo památkách. U tří z těchto nabídek nedodrželo MŽP zákonnou 60denní lhůtu k vyjádření, ačkoliv mělo o výkup pozemků zájem. Stát tak některé pozemky v přírodně cenných lokalitách nevykoupil. U jedné nabídky prodávající nakonec uzavřel kupní smlouvu s AOPK i po uplynutí 60denní lhůty.

Ačkoliv je Program péče o krajinu finančně nejvýznamnějším neinvestičním národním dotačním programem v oblasti péče o krajinu, MŽP nestanovilo žádná kritéria pro jeho hodnocení. Nesledovalo přínosy poskytnutých peněžních prostředků a nemůže tedy vyhodnotit, zda podpora ve výši 759 mil. Kč přispěla ke zlepšení stavu přírody a krajiny.

U některých příjemců podpory odhalila kontrola NKÚ nedostatky v plnění podmínek poskytnuté dotace či při zadávání veřejných zakázek. Např. AOPK porušila zásadu transparentnosti a zákazu diskriminace, neboť přímým zadáním jednomu dodavateli omezila okruh možných dodavatelů. Na základě smlouvy o dílo uhradila vybranému dodavateli v roce 2019 celkem 470 tis. Kč a následně v roce 2020 už 2,3 mil. Kč. NKÚ vyhodnotil toto jednání jako skutečnosti nasvědčující porušení rozpočtové kázně.

V Evropské unii se zásadně nezlepšuje stav evropsky významných přírodních lokalit ani druhů. Úbytek chráněných druhů a stanovišť se i přes dílčí úspěchy nedaří zastavit. Evropská komise odhaduje, že neplnění hlavního cíle „Strategie EU v oblasti biodiverzity do roku 2020“ způsobuje ekonomice EU každoroční ztráty v objemu 50 mld. eur. Rovněž v ČR dochází k úbytku biodiverzity (biologické rozmanitosti) a s tím souvisejícímu zhoršení fungování ekosystémů, vzrůstá citlivost vůči změně klimatu i nebezpečí zavlečení nepůvodních druhů.