NKÚ prověřil vzorek 13 projektů v hodnotě více než 5,1 miliardy korun. Z kontroly vyplynulo, že MD nemělo účinný systém řízení investic a schvalovalo nedostatečně připravené projekty, které nabíraly zpoždění a často se s nimi pojilo velké množství změn, což se podepisovalo na jejich výsledných nákladech. MD navíc při rozdělování peněz nepostupovalo podle schváleného harmonogramu, který počítal s přidělováním peněz nejdůležitějším projektům s největšími přínosy. Skutečné přínosy projektů pak nevyhodnocovalo. NKÚ také upozornil na možné porušení rozpočtové kázně za přibližně 86 milionů korun.

Příkladem nedostatečně připraveného projektu schváleného Ministerstvem dopravy bylo dokončení vltavské vodní cesty mezi Hněvkovicemi a Týnem nad Vltavou. ŘVC projekt připravilo podle nepřesných podkladů s očekávanými náklady 294 milionů korun. Stavba měla být dokončena v roce 2014, ale i kvůli velkému množství změn během výstavby dokončilo ŘVC projekt až v roce 2017. To vedlo i k tomu, že se snížil podíl evropských dotací na financování projektu z 85 % na 45 %.

Přínosy tohoto projektu jsou navíc sníženy tím, že MD projekty schvaluje jednotlivě, ne v rámci ucelených dopravních řešení. V tomto případě se na omezených přínosech podepsala prodleva v řešení splavnosti Vltavy pod zdymadlem Kořensko a dosavadní nezahájení prací na zvýšení mostu v Týně nad Vltavou. Jde o související projekty, jejichž dokončení je nutné pro splavnost celého úseku.

Průtahy a nárůst nákladů lze ilustrovat i na dosud nezahájené výstavbě lodního zdvihadla na Orlíku. Předpokládané náklady vzrostly od roku 2008, kdy se na projektu začalo pracovat, z 360 milionů korun na téměř dvě miliardy korun, tedy více než pětinásobně. Přitom vybudování zdvihadla na Orlíku společně se zdvihadlem na Slapech je nezbytným předpokladem pro dokončení splavnění celé Vltavy pro rekreační plavbu.

Kontrola také ukázala, že systém rozdělení odpovědnosti mezi ŘVC a státní podniky povodí je v praxi komplikovaný i náročný na koordinaci. To vedlo k tomu, že se některé stavby odkládaly – například modernizaci přístaviště v Litoměřicích MD schválilo už v roce 2010, ale zahájení této modernizace odkládalo ŘVC kvůli majetkoprávní nepřipravenosti stavby až do roku 2021.

NKÚ odhalil i problémy při zadávání veřejných zakázek. V roce 2013 ŘVC uzavřelo smlouvu na vybudování úvaziště pro osobní vodní dopravu na dolním Labi za zhruba 74 milionů korun. Kontrolorům ale předložilo jen nekompletní doklady – bez všech vyplněných údajů, podpisů a podobně. ŘVC to odůvodnilo tím, že jiné doklady se mu nepodařilo dohledat. Tím ale porušilo zákon o veřejných zakázkách a NKÚ to vyhodnotil jako podezření na porušení rozpočtové kázně.

Porušení zákona o veřejných zakázkách a z toho plynoucí podezření na porušení rozpočtové kázně zjistil NKÚ i v případě dalšího projektu, a to v hodnotě více než 11 milionů korun.