Udržitelnost projektů je jednou z podmínek přidělení dotace z operačního programu. Jedná se o soubor pravidel, která musí příjemce dotace dodržovat po určitou dobu - nejčastěji 5 let - po dokončení projektu. Cílem je zajistit, aby podpořené projekty po dokončení nezanikly a byly přínosné i v budoucnosti. Tyto podmínky mají zajistit účelné, hospodárné a efektivní vynakládání peněz z EU.

Kontrola se týkala dotací udělených v rámci Integrovaného operačního programu, operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace a operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Celkem kontroloři prověřili 56 projektů, na které byly vyplaceny dotace za 9,3 miliardy korun. Z této celkové částky tvořil příspěvek EU 7,9 miliardy korun a další téměř 1,4 miliardy korun vyplatila Česká republika ze svého rozpočtu.

Pokud dojde u některého projektu dotovaného z EU k porušení podmínek udržitelnosti, příjemce musí část, případně i celou dotaci vrátit. Pokud je příjemcem dotace stát, hradí vzniklé náklady ze svého rozpočtu. U 14 z 56 kontrolovaných projektů hrozí, že příjemci budou muset část nebo celou dotaci vrátit – ať už kvůli porušení podmínek udržitelnosti, nebo jiným zjištěným nedostatkům. Příkladem porušení podmínek udržitelnosti je projekt Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) na zřízení center podpory inkluzivního vzdělávání za více než 133 milionů korun. Projekt měl ověřit a nastavit podmínky inkluzivního vzdělávání na základních školách. Všech devět regionálních center na podporu inkluzivního vzdělávání, která v rámci projektu vznikla, ale po ukončení projektu bez náhrady zaniklo.

Dalším problémem je zajištění financování projektů po dobu 5 let udržitelnosti. To se týká například některých vědeckých center dotovaných z operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace. Jedná se přitom o velmi nákladné projekty. Do vybudování 48 vědeckých výzkumných center se dosud investovalo 36 miliard korun. Podle odhadů bude na jejich provoz v době udržitelnosti nutné vynaložit ze státního rozpočtu dalších 24,4 miliardy korun. U pěti z jedenácti kontrolovaných výzkumných center podle kontrolorů hrozí, že nesplní podmínky udržitelnosti. Vědeckým výzkumným centrům se totiž například nedaří získat další zdroje financování – zejména ze smluvního výzkumu a mezinárodních grantů – v původně předpokládané výši. Podle kontrolorů to svědčí o tom, že centra nedokáží najít dostatečné zdroje peněz v aplikační sféře.

NKÚ upozorňuje, že by měla být věnována větší pozornost praktickému využití výsledků projektů financovaných z evropských peněz i po jejich ukončení. Pokud projektové výstupy nenajdou praktické využití do budoucna, nepoužívají se peníze z dotací ani účelně, ani efektivně. Dotace nemají jen financovat samotný projekt, ale měly by pomáhat k dlouhodobému zlepšení v dané oblasti.