Stavební konstrukce farního kostela Nejsvětější Trojice jsou s velkou pravděpodobností středověkého původu. První zmínku o něm datujeme k roku 1346.

Tehdejší podoba kostela ale není v pramenech dochována jednoznačným popisem. „Z povahy udržovacích prací zanesených v kostelních účtech lze usuzovat na jednolodní stavbu, s věží krytou dřevěnou nástavbou a zastřešením. Jako pozdně gotické jsou stavebněhistorickým průzkumem interpretována obvodová zdiva lodě, severního přístavku a spodní poloviny věže.“ hovoří o nejednoznačné podobě původní středověké stavby Mgr. Petr Freiwillig, Ph.D. Současnou barokní podobu kostel získal v letech 1717–1729, kdy proběhla zásadní rekonstrukce objektu. Poté se pokračovalo zejména interiérovými úpravami. Ve druhé polovině 20. století se kostel postupně dostal do havarijního stavu. 

Až přechodem kostela z římskokatolické církve do vlastnictví obce v roce 2015 došlo k prosazení obnovy svatostánku. Velkou zásluhu na této činnosti má starosta Jindřichovic pod Smrkem Ing. Pavel Novotný.

Na základě stavebně historického průzkumu byl kostel Nejsvětější Trojice v roce 2018 zařazen jako jediný na Frýdlantsku do Programu záchrany architektonického dědictví. „Díky příspěvku z Programu došlo k opravě krovu lodi a výměně střešní krytiny, zabezpečení stropu lodi, opravě střechy kostelní věže a opravě jejího vnějšího pláště včetně nátěru a opravy výplní. V dalších etapě je plánována oprava fasády lodě a presbytáře. Zaslouží také zmínit, že na opravu kostela byla obcí vyhlášena veřejná sbírka, ve které se nashromáždilo přes 228 tisíc Kč. To si zaslouží velký obdiv, pokud si uvědomíme, s jakými problémy se malé obce v pohraničí a jejich občané potýkají.“ dodává za územní odborné pracoviště v Liberci Mgr. Petr Freiwillig, Ph.D. 

Z řady probíhajících obnov kulturních památek v Libereckém kraji jsou některé významnější projekty financovány z Programu záchrany architektonického dědictví (PZAD), jenž je každý rok vypisován Ministerstvem kultury České republiky. Mezi takové památky patří sakrální i světské stavby v kraji, například zámek ve Stráži pod Ralskem, zámek v Doksech, kostel svatého Floriána a Šebestiána v Zákupech aj.