NKÚ kontroloval, jak Ministerstvo práce a sociálních věcí (MPSV), Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR) a Centrum pro regionální rozvoj (CRR) rozdělovaly v letech 2015 až 2021 veřejné peníze na podporu sociálních podniků ze dvou operačních programů – Zaměstnanost (OPZ) a Integrovaný regionální operační program (IROP).  Z kontroly vyplynulo, že rozdělování těchto dotací ve výši téměř jedné miliardy korun provázela celá řada nedostatků. Podporu tak dostaly i neúčelné a neefektivní projekty. Dotace mnohdy pomáhaly spíše jejich příjemcům než sociálně ohroženým lidem. Například jedna příjemkyně dotace použila peníze EU ve výši téměř 2,9 mil. Kč na nákup nemovitosti od manžela. Navíc MPSV a MMR nastavily nejasná pravidla sociálního podnikání, takže jejich plnění bylo mnohdy jen formální.

Cílem sociálních podniků je zaměstnávat a sociálně začleňovat osoby znevýhodněné na trhu práce, jako jsou např. dlouhodobě nezaměstnaní, osoby po výkonu trestu či se zdravotním postižením.

K nesrovnalostem docházelo i přesto, že ministerstva a CRR nastavily při výběru „husté síto“. Zamítnuto bylo až 76 % žádostí nesplňujících stanovená kritéria. Z původních 1 676 žádostí nakonec subvenci dostalo jen 405 projektů. NKÚ zkontroloval rovněž 12 vybraných příjemců dotací. U nich kontroloři prověřili 16 projektů za bezmála 63 mil. Kč.

Zatímco řada podpořených sociálních podniků využila dotaci účelně a efektivně, plná polovina projektů z kontrolního vzorku byla naopak vyhodnocena jako omezeně účelná a efektivní či dokonce jako zcela neúčelná a neefektivní. Jednou z příčin byla ministerstvy nedostatečně nastavená pravidla. Například nebyly stanoveny hranice maximální výše podpory na jednoho účastníka projektu, resp. na jedno vytvořené pracovní místo. Podpora jedné osoby v projektu OPZ tak např. převýšila roční průměr 170 tis. Kč až šestinásobně, když přesáhla 1 mil. Kč za rok.

Požadavky na plnění principů sociálního podnikání byly nastaveny nevhodně, takže k jejich splnění stačilo mnohdy opravdu málo. Například aby podnik vyhověl podmínce podnikání zodpovědného k životnímu prostředí, stačilo mu doložit tři účtenky o nákupu ekologicky šetrných výrobků (např. čisticích prostředků). Tři účetní doklady za rok o odběru či dodávce zboží nebo služeb od firem ze stejného nebo sousedního kraje zase stačily k naplnění podmínky uspokojování potřeb místní komunity – jedno, že firmy byly vzdáleny i třeba sto kilometrů.

Při kontrole evropských peněz z IROP odhalil NKÚ významný systémový nedostatek. Spočíval v proplácení nezpůsobilých, a tedy neúčelných výdajů příjemcům dotace na nákup nemovitostí od osob blízkých. Kromě již zmíněného případu výplaty téměř 2,9 mil. Kč na pořízení nemovitosti od rodinného příslušníka, což představovalo 69 % z celkové dotace, odhalili kontroloři NKÚ další dva obdobné případy. Došlo tak k významnému selhání řídicí a kontrolní funkce jak ze strany CRR, které projekty doporučilo, tak i u MMR, jež tyto výdaje proplatilo.

Kontroloři NKÚ dále zjistili, že v řadě případů vznikaly nové sociální podniky s významnou personální vazbou na jejich předpokládané odběratele a dodavatele. Motivací ke vzniku nových sociálních podniků tak byly mnohdy spíše ekonomické výhody plynoucí příjemcům než samotná pomoc znevýhodněným skupinám osob. Někteří se tím ve svých žádostech o dotaci ani netajili. Přitom naprostá většina kontrolovaných podniků nedosahuje hospodářských cílů stanovených v podnikatelských plánech. Např. jejich tržby byly oproti plánům nižší až o 80 %, což je i rizikem pro dlouhodobé samostatné fungování těchto sociálních podniků.