1. června 2016 vznikla Agentura pro podnikání a inovace (API). Tato státní příspěvková organizace podřízená Ministerstvu průmyslu a obchodu bude mít na starosti implementaci podpory podnikání a inovací ze strukturálních fondů EU. Zajišťovat bude administraci Operačního programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost (OP PIK) 2014-2020.

Nová agentura vznikla oddělením jedné divize, konkrétně Divize Strukturální fondy, od agentury CzechInvest. Její pracovníci mají tudíž letité zkušenosti se zajišťováním podpory podnikání a inovací ze strukturálních fondů EU, a ve své činnosti tak budou plynule pokračovat. Jen pod hlavičkou nové agentury. CzechInvest bude pokračovat ve své hlavní aktivitě, tedy zprostředkovávání investic do České republiky.

Vznik nové instituce je důsledkem požadavku Evropské komise, aby subjekty, které hospodaří s veřejnými prostředky pocházejícími ze zdrojů Evropské unie, spadaly pod režim zákona o státní službě. Zvažovalo se více variant, jak tomuto pravidlu dostát. Jako nejvhodnější, také s ohledem na efektivní a plynulé čerpání evropských dotací, byl nakonec zvolen vznik samostatné nové příspěvkové organizace, která jako celek bude spadat pod režim služebního zákona, což odpovídá schématu obvyklému i u ostatních resortů.

Při rozhodování hrál roli i fakt, že CzechInvest byl založen především jako „promotion agency“ dojednávající zahraniční a rozvoj tuzemských investic. Agenda implementace evropských fondů byla do jeho aktivit zapojena teprve později. Není tedy klasickým služebním úřadem a jeho zařazení do režimu služebního zákona by znamenalo celou řadu provozních omezení.

Na 140 pracovníků nové agentury nadále sídlí v budově v Žitné ulici v Praze 2, a protože agentury CzechInvest a API spolu budou i nadále úzce spolupracovat, zástupci API jsou přítomni i v regionálních kancelářích CzechInvestu v každém krajském městě České republiky.

Generálním ředitelem Agentury pro podnikání a inovace byl jmenován Lukáš Vymětal, dosavadní ředitel Divize Strukturální fondy agentury CzechInvest.