Od prvního ledna 2017 vznikne Sekce finanční kriminality. O jejím zřízení (hovorově nazývané termíny Finanční policie, či FIPO) se hovořilo již v době vniku „centrály“. Sekce finanční kriminality bude výrazně personálně posílena a její součástí bude nově i pracoviště zaměřené na aktivní odhalování finanční kriminality. Nová sekce bude rovněž zastřešovat i velice úspěšný projekt Daňové Kobry. Vedení NCOZ si od vzniku této sekce slibuje efektivnější práci v rámci boje proti daňové kriminalitě, praní peněz a zajišťování výnosů z trestné činnosti.

Další změnou je personální posílení některých významných problematik útvaru. Jde o závažnou hospodářskou trestnou činnost a kybernetickou kriminalitu.

Od 1. ledna 2016 rovněž dojde ke změnám v rámci expozitur NCOZ. Budou spojeny dosud samostatné organizační články v Teplicích a v Ústí nad Labem, kdy jejich sloučením vznikne jedna expozitura se sídlem v Ústí nad Labem. Dále dojde ke vzniku zcela nové expozitury v Olomouci.

V rámci druhé fáze organizační změny NCOZ proběhnou i další dílčí změny. Například „autokriminalita“ již nebude v gesci „centrály“. Tuto problematiku převezme Úřad služby kriminální policie a vyšetřování.

Nová organizační struktura byla v rámci příprav představena a konzultována nejen s vedením Policie České republiky a uvnitř NCOZ, ale i se zástupci Nejvyššího státního zastupitelství a obou vrchních státních zastupitelství.