Formulace cílů a odpovídajícího nastavení indikátorů schválila Evropská komise. OPPI významně přispěl k vývoji a růstu české ekonomiky a k rozšíření rozsahu výroby. Přispěl též ke zvýšení počtu inovací.

Dne 11. 1. 2016 zahájil Nejvyšší kontrolní úřad na MPO Kontrolní akci č. 16/01 s názvem „Peněžní prostředky Evropské unie a státního rozpočtu určené na financování opatření v rámci operačního programu Podnikání a inovace (OPPI) z hlediska dosažení cílů“. Kontrola se týkala operačního programu, jehož parametry byly nastaveny již v roce 2006 pro období 2007 až 2013. MPO zdůrazňuje, že současný OP PIK je nastaven co do cílů programu a jejich ukazatelů mnohem robustněji a má nastavena striktnější a měřitelnější kritéria jejich plnění.

Odbor implementace OPPI ve věci nesplnění cílů a neprovázanosti na monitorovací indikátory a závazné ukazatele zcela odmítá přístup NKÚ a jeho tvrzení o jejich nesplnění. Formulace cílů a odpovídajícího nastavení indikátorů, které je mají vyjadřovat, schválila Evropské komise. To není pouze formalita, ale zásadní rozhodnutí, kterým je stvrzeno řádné nastavení programu. Navíc, aby EK mohla splnit svou informační povinnost vůči Radě, byly jí předávány požadované každoroční zprávy v podobě Výročních zpráv OPPI, jejich součástí byly periodické údaje stavu operačního programu. EK tak měla možnost vyjádřit se k provázanosti a měřitelnosti cílů a indikátorů ve vztahu k vydaným finančním prostředkům. Systém nastavení nebyl nikdy rozporován.

Řídicí orgán nemohl schválené formulace cílů operačního programu ani zvolené ukazatele smysluplně změnit ani doplnit, neboť kontrola NKÚ proběhla po ukončení programu, proto postrádá smysl vyvozovat z nich tyto závěry.

MPO zásadně nesouhlasí s tvrzením, že by OPPI nesplnil cíle, které stanovil globální cíl operačního programu, což je „ … zvýšit do konce programového období konkurenceschopnost české ekonomiky a přiblížit inovační výkonnost sektoru průmyslu a služeb úrovni předních průmyslových zemí Evropy.“  V této věci zadalo MPO zpracování vlastní evaluace výsledků OPPI, jejíž závěry budou zveřejněny v průběhu roku 2017.

Praktické splnění cílů projektů a jejich udržitelnost kontroluje MPO na základě zasílání každoročních monitorovacích zpráv příjemců dotace a dále prostřednictvím provádění kontrol na místě (interim a ex post). Těch bylo v průběhu programového období provedeno přibližně 1839. V současném OP PIK je ještě významněji posílena role kontroly, je zdůrazněn větší požadavek z hlediska kvality a jsou uplatňovány rozsáhlejší kontrolní prvky a metody.

V OPPI bylo celkem podpořeno zhruba 12 000 projektů. NKÚ pracoval s velmi omezeným vzorkem 61 projektů, a skutečně nelze na základě jednoho projektu (centrum Slavičín) paušálně hodnotit veškeré dopady OPPI a plošně aplikovat negativní závěry na celý operační program.

Co se týče projektů v rámci opatření na zvýšení energetické účinnosti, zde podporovalo MPO i oblast podnikání v cestovním ruchu, a to vzhledem ke skutečnosti, že jiný podobný dotační titul v minulém programovém období pro tento typ podnikatelů neexistoval. Finanční prostředky na tuto oblast podpory byly vynaloženy plně v souladu s globálním cílem OPPI a operačním cílem programu „Eko-energie“.

Přesto MPO vnímá kontrolu NKÚ částečně pozitivně, neboť některé zjištěné nedostatky umožňují vylepšit systém přidělování dotací v novém programovém období OP PIK. Zejména se to týká evidence vytváření pracovních míst. V rámci nastavení OP PIK se MPO zásadně zaměřuje na skutečnost, aby nedocházelo k duplicitnímu naplňování indikátorů týkajících se pracovních míst (či indikátorů v jiných oblastech), ke kterému dle zjištění NKÚ došlo v několika případech v OPPI. MPO celkově posílilo váhu závazných indikátorů v OP PIK – jako příklad lze uvést ambiciózní požadavky na projekty v oblasti nárůstu obratu produkce firem či závazné míry obsazenosti VTP.

OPPI úspěšně dočerpal jako první operační program ze 17 existujících v ČR celou alokaci 84 mld. Kč, včetně spolufinancování příjemci bylo vynaloženo cca 168 mld. Kč.

Závěrem je třeba uvést, že OPPI významně přispěl k vývoji a růstu české ekonomiky a k rozšíření rozsahu výroby. Neméně důležitým faktem je, že díky OPPI došlo taktéž ke zvýšení počtu inovací. Za rok 2015 bylo vyčerpáno a proplaceno přibližně 25 mld. Kč, spolu s kofinancováním zhruba 50 mld. Kč. Zejména v minulém roce byl nárůst HDP 4,5 % významně tažen mj. výdaji z OPPI.