Změna označování nástupišť a kolejí odpovídá novým pravidlům SŽDC pro umísťování a vzhled prvků orientačního a informačního systému. Ta se postupně zavádějí i v dalších rekonstruovaných železničních stanicích, například v Berouně nebo Chebu, a odpovídají pravidlům známým z většiny ostatních evropských zemí.

Pro označení každé hrany nástupiště, kde zastavují vlaky pro cestující, se bude používat jediné číslo, doplněné podle potřeby slovem kolej. Jednotlivé koleje jsou označeny od čísla 1 ve směru od hlavní přístupové cesty na nádraží ze Šumavské ulice a končí číslem 12 směrem k další přístupové cestě ze Železniční ulice. Znamená to, že se již nebudou používat samostatná čísla nástupišť 1 až 6 a doplňující čísla kolejí vycházející ze služebního číslování, která nebyla pro cestující příliš srozumitelná.

Z kolejí číslo 8 a 6, které se nacházejí u prvního nástupiště, se tak staly koleje 1 a 2, naopak koleje 101 a 103 u šestého nástupiště nesou čísla 11 a 12.

Kromě toho jsou koleje pro podrobnější orientaci cestujících rozděleny na kratší části (tzv. sektory), označené na orientačních tabulkách ve směru od západu k východu písmeny velké abecedy A až I. U všech 12 kolejí jsou sektory stejného písmene ve stejné úrovni, a proto například u kolejí s kratšími nástupišti číslo 1 a 2 jsou vyznačeny jen sektory B až H. Označení sektorů, kde budou přistaveny vlaky, se postupně doplní i na elektronické informační panely a do hlášení staničního rozhlasu.

Pro označení dílčích částí kolejí se zde budou prozatím do konce platnosti letošního jízdního řádu používat zavedené pojmy západní část a východní část nebo zkratky Z a V (důvodem je nutnost propojení s technologickými předpisy). Poloha vlaku na nástupišti určená rozmezím písmen sektorizace se tedy na informačních tabulích projeví až od 15. prosince, odkdy bude také zrušeno označení Z a V.

Zaměstnanci provozovatele dráhy SŽDC a dopravce České dráhy jsou v prvních červencových dnech ve zvýšené míře připraveni pomoci cestujícím s orientací v prostorách železniční stanice.