Vykoupené pozemky mají převážně lesní charakter a budou nyní ponechány samovolnému vývoji nebo spravovány tak, aby se v nejbližších letech přiblížily přírodě blízkému charakteru.  S výkupem pozemků bude Správa parku i nadále pokračovat.

Pozemky Správa parku získala v blízkosti Podmolí a Mašovic a také nedaleko Onšova. Výkupy pozemků hradila prostřednictvím Národního programu životního prostředí Státního fondu životního prostředí České republiky (SFŽP). Celková výše takto vynaložených finančních prostředků v roce 2017 byla 448 510 Kč.

Správa parku se přihlásí i k nově vyhlášené dotační výzvě SFŽP na výkupy pozemků ve zvláště chráněných území a jejich ochranných pásmech. V rámci této výzvy plánuje požádat o zhruba dva miliony korun na výkupy pozemků na území Národního parku Podyjí i jeho ochranného pásma.

V národním parku je ve vlastnictví státu již 89% území. Správa parku má v úmyslu postupně vykoupit i zbývajících 11% plochy od soukromých vlastníků. Jsou to především lesní pozemky a pozemky na vřesovišti a v údolních loukách. V ochranném pásmu národního parku se Správa parku bude snažit vykupovat pozemky, na kterých se nacházejí biotopy s výskytem zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů a pozemky v maloplošných zvláště chráněných území.

Od roku 1994 vykoupila již celkem 964 ha pozemků za 79,5 milionů korun. Jednalo se především o lesní pozemky, nacházející se v nejcennějších částech národního parku, vykoupené od soukromých vlastníků a obcí. Finanční prostředky na odkupy byly čerpány vždy ze Státního fondu životního prostředí.