Masarykovo nádraží plní nezastupitelnou roli v pražské příměstské dopravě, v pracovní dny jím projde více než 36 tisíc cestujících. V budoucnu budou právě zde začínat vlaky zajišťující nové železniční spojení s Letištěm Václava Havla. Jeho kapacita se proto zvýší ze současných sedmi na devět kolejí. Rekonstrukcí projde rovněž zabezpečovací zařízení a trakční vedení, stejně jako dosud nemodernizované kolejiště v obvodu Hrabovka. 

Pohodlný nástup do vlakových souprav zajistí nástupiště v normové výšce 550 milimetrů nad kolejí. Přístup na ně bude nejen ze stávající dvorany, ale nově také ze zastřešené platformy spojující Hybernskou a Opletalovu ulici s ulicí Na Florenci. Nejstarší existující nádraží v Praze díky tomu přestane být překážkou pro chodce mířící ve směru od Václavského náměstí k autobusovému nádraží Florenc.

Zahájení stavby s názvem Modernizace a dostavba ŽST Praha Masarykovo nádraží se plánuje v polovině roku 2022, její realizace potrvá do roku 2026. Celkové investiční náklady se předpokládají ve výši 2,5 miliardy korun.

Cílem druhé zmiňované stavby je zdvoukolejnění a elektrizace traťového úseku z Prahy-Ruzyně do Kladna. V rámci její realizace se kompletně přestaví stanice Hostivice a Jeneč, dnešní stanice Unhošť se zruší a nahradí ji zastávka Malé Přítočno na nově postavené přeložce. Zastávka Pavlov projde rekonstrukcí, nově se postaví zastávky Hostivice-Jeneček a Pletený Újezd. Nový železniční spodek a svršek, narovnání oblouků s využitím přeložek a moderní zabezpečovací zařízení s dálkovým řízením provozu umožní zvýšit rychlost vlaků až na 140 km/h. Železniční přejezdy na nejfrekventovanějších komunikacích se zruší a nahradí mimoúrovňovými kříženími silnice a železnice.

Aktuálně pro úsek Praha-Ruzyně - Kladno vybrala Správa železnic zhotovitele dokumentace pro stavební povolení, stala se jím společnost Metroprojekt s nabídkou 112,3 milionu Kč. Zahájení prací se předpokládá v závěru příštího roku, potrvají celkem tři roky. Náklady přesáhnou 5 miliard korun.

Modernizace trati Praha – Kladno s připojením Letiště Václava Havla je jedním z největších dopravních projektů v ČR. Z jeho dílčích staveb je dokončena rekonstrukce Negrelliho viaduktu, na který se 1. června vrátily vlaky. Pro traťové úseky Kladno – Kladno-Ostrovec a Praha-Bubny – Praha-Výstaviště již vznikají projekty v rámci dokumentací pro stavební povolení, příští rok plánuje Správa železnic vypsat tendry na zhotovitele staveb.