Největší výzvou, kterou české předsednictví společně s ostatními státy Visegrádu řešilo, byla migrační krize a diskuse o jejím řešení. Státy V4 díky společnému postupu dokázaly prosadit své priority v rámci Evropské unie, přičemž důraz kladly především na posílení ochrany vnějších hranic, důrazné dodržování azylové legislativy a spolupráci se třetími zeměmi.  Státy Visegrádské skupiny poskytly také materiální, expertní a finanční pomoc nejvíce zasaženým státům.

Visegrádská skupina se také pod vedením České republiky věnovala projektu energetické unie a opakovaně akcentovala význam energetické bezpečnosti pro Evropu. České předsednictví zahájilo spolupráci V4 při podpoře nových a stávajících start-upů a aktivně se zasadilo o posílení společné podpory regionálním projektům v oblasti digitální ekonomiky.

Další prioritní oblastí českého předsednictví byla oblast obrany a bezpečnosti. Byl dokončen proces přípravy evropského bojového uskupení tvořeného jednotkami armád zemí V4, které bylo vyčleněno do pohotovosti v první polovině roku 2016, ministerstva obrany zahájila přípravu rotačního cvičení V4 v baltských státech v roce 2017 a bylo dohodnuto zřízení stálého pracovního orgánu pro plánování koordinovaného rozvoje obranných schopností a identifikaci společných projektů.

Další kroky pak státy Visegrádské skupiny podnikly v oblasti podpory proevropského směřování zemí Východního partnerství a regionu západního Balkánu, propojené digitální Evropy a solidárnější a soudržnější Unie.

Pomyslnou štafetu předsednictví předal český premiér Bohuslav Sobotka polské premiérce Beatě Szydlové na summitu předsedů vlád zemí V4 v Praze 8. června 2016.