Podle dřívějších informací je Babiš podle komise ve střetu zájmů, protože ovládá svěřenské fondy, do nichž vložil svůj majetek. Premiér střet zájmů odmítá.

Prověřování je součástí tzv. zemědělského auditu. Další část řeší Ministerstvo pro místní rozvoj. Obsah odpovědi i veškerá komunikace zůstávají v důvěrném režimu.

Zemědělský resort ve druhé polovině letošního března uvedl, že EK ukončila část zemědělského šetření - prověřování ministra zemědělství Miroslava Tomana (ČSSD) kvůli možnému střetu zájmů - bez sankce. Česká republika proto podle resortu nebude vracet peníze za poskytnutí dotace pro firmu navázanou na Tomanovu rodinu. Komise tehdy věc odmítla komentovat s tím, že audit, jehož je zkoumání Tomanova případu součástí, ještě neskončil. Možný Tomanův střet zájmů se podle médií a opozice mohl týkat společnosti Agrotrade, kterou z 80 procent vlastní ministrův otec Miroslav Toman starší.

Evropská komise zaslala v listopadu 2019 českým úřadům konečnou auditní zprávu týkající se dotací z unijních fondů vyplácených Agrofertu. V předběžné auditní zprávě EK v nezemědělské části konstatovala, že Babiš je ve střetu zájmů, protože má stále vliv na Agrofert, přestože ho vložil do svěřenských fondů. ČR by kvůli takovému hodnocení mohla vracet do unijního rozpočtu kolem 450 milionů korun.

Babiš možnost střetu zájmů odmítá a tvrdí, že Česká republika žádné peníze Bruselu vracet nebude. Podle několika europoslanců zástupci EK sdělili členům výboru Evropského parlamentu, že závěry auditu EK týkající se Babiše potvrzují jeho střet zájmů.