Státní zástupce Šišku viní z pokusu o zneužití pravomoci úřední osoby a z pokusu o porušení předpisů o pravidlech hospodářské soutěže. Znalce pak z pokusu o křivou výpověď a nepravdivý znalecký posudek. Šiškovi hrozí až 12 let vězení, Smejkalovi až desetiletý trest.

Ministerstvo si chtělo bez výběrového řízení pronajmout od společnosti IBM systém, který měl kontrolovat posudkové lékaře a zabránit zneužívání dávek. Tendr zrušil antimonopolní úřad poté, co si na postup ministerstva stěžovala softwarová společnost SAS Institute. Šiška se tehdy hájil Smejkalovým znaleckým posudkem, podle nějž prý nemohl zakázku získat nikdo jiný než IBM. Podle úřadu byl však posudek nezpůsobilý.

Šiška čelí v souvislosti se svou činností na ministerstvu i dalším trestním stíháním. Obžalován je z vydírání jednatele firmy OKsystem, k soudu půjde i kvůli údajně zmanipulovaným IT zakázkám na provoz systému výplaty sociálních dávek.