Čerpání evropských fondů na podporu konkurenceschopnosti pro ministerstvo školství je ohroženo. Podle náměstka ministerstva školství Michala Zaorálka však dochází k nápravě. Systém čerpání fondů byl podle obhájců úřadu ministra Dobeše problematicky nastaven už od roku 2008. Náměstek ministra školství Michal Zaorálek, který má čerpání evropských peněz na starosti, navíc říká, že dříve než po odhalení problémů evropskou komisí chyby v systému napravit nešlo.

Ke kritice ministerstva školství se kromě opozice připojil i bývalý šéf strukturálních fondů na ministerstvu školství a současný předseda jihomoravské TOP 09 Jan Vitula. Tedy muž, který měl na ministerstvu školství na starosti čerpání evropských peněz před Dobešovým příchodem. Jan Vitula tvrdí, že ministerstvo školství udělalo v původně dobře nastaveném systému za současné Dobešovy éry chaos. Zaorálek oponuje – za doby Jana Vituly bylo schváleno projektů 400. Dnes jich je schváleno 5000.

Jan Vitula ovšem nekritizuje jen chaos v systému. V souvislosti s ministerstvem školství mluví doslova o Augiášově chlévu. Bývalý šéf strukturálních fondů na ministerstvu školství upozorňuje, že dalším problémem současného ministerstva školství je ohromná fluktuace vrcholného vedení úřadu. Náměstci, ředitelé a další důležité osoby se prý střídají jako na běžícím pásu.

To je však podle Michala Zaorálka kritika lichá, protože podle něj byl vždy nějaký konkrétní důvod k personální změně na půdě ministerstva školství. A konečně: ke kritice ze strany opozice i koaličních stran ohledně možnosti pozastavení přítoku evropských peněz do rozpočtu českého školství, dodává: „Jde o pouhou technikálii, z které se udělalo politikum.“

To je i důvodem, proč by osobní důsledky Michal Zaorálek vyvodil teprve ve chvíli, kdy by byl přívod peněz do českého školství z evropských fondů zcela zastaven. „K tomu dojít nemůže, to vím jistě,“ říkal v pondělních Událostech, komentářích náměstek ministerstva školství Michal Zaorálek, který má v současné době čerpání strukturálních fondů na starosti. K tomu, že bude čerpání pozastaveno, však podle něj může dojít s více než padesátiprocentní pravděpodobností.