V oblasti podpory vývoje při zpracování zemědělských produktů také ministerstvo podle NKÚ nastavilo pro žadatele příznivější podmínky než v ostatních oblastech. O peníze mohou žádat opakovaně a nebyla stanovena horní hranice peněz, které mohou získat. Dotace firmy používají na nákup strojů či stavby, zatímco výdaje na výzkum byly zanedbatelné – ze 46 prověřených projektů představovaly jen asi jedno procento. „Což je zarážející s ohledem na to, že podpora vědy a výzkumu je jeden z hlavních důvodů, proč ministerstvo tyto dotace rozděluje,“ doplnil mluvčí NKÚ.

„Naproti tomu podporovat malé a střední podniky se nedaří. Jedním z důvodů jsou například složité dotační podmínky pro některé oblasti, kvůli kterým nebyly žádosti o dotace schváleny. V jiných oblastech, které vybralo ministerstvo k podpoře, zase žadatelé nemají o dotace zájem,“ uvedl Kešner.

Nedostatky má podle kontrolorů i schvalování dotací. Pro posuzování projektů vytvořilo ministerstvo komise, ale rozhodnutí komisí nelze přezkoumat, znám je jen výsledek. Odvolání některých neúspěšných žadatelů navíc posuzovala stejná komise, která původně rozhodla o tom, že dotaci nedostanou.

Navíc má podle NKÚ čerpání dotací zpoždění. Ke konci roku 2017 proplatilo ministerstvo pouhých pět projektů v celkové hodnotě 186 milionů. „Teď je potřeba začít pracovat na tom, aby se situace změnila. Jsme přibližně v polovině programového období a ještě není pozdě, s tím něco dělat,“ řekl člen NKÚ Pavel Hrnčíř, který kontrolu vedl.