V roce 2002 Halíka ke kandidatuře na prezidenta vyzval Václav Havel, se stejným návrhem za ním tehdy přišlo i několik politických stran. Halík vysvětluje, že to nakonec nedopadlo, protože mnoho lidí vůči němu chová nenávist. „Já jsem si uvědomil, že pro značnou část společnosti reprezentuju přesně to, co oni nenávidí. Je část společnosti, a ne malá, která nenávidí Pražáky, nenávidí kněze, nenávidí bývalé disidenty, nenávidí přátele Václava Havla, nenávidí intelektuály.

 Já jsem toto všechno v jednom. Nenajdete člověka, který by v sobě ztělesňoval všecko, co tihle lidé nenávidí. Není to většina lidí, ale je to velmi halasná část, který by se spustila strašlivé věci v předvolební kampani,“  říká Tomáš Halík v rozhovoru pro Seznam Zprávy s tím, že naráží na odpor i u velké části české katolické církve.

Souhlasí s nedávno zveřejněným názorem spisovatele Pavla Kosatíka, že Halíkovy myšlenky spíš než v Česku rezonují v cizině, kde vycházejí jeho knihy ve velkém a kde získal například Templetonovu cenu za rok 2014. Zařadil se tak k laureátům jako Matka Tereza nebo dalajlama. Cena se udílí žijícím osobnostem, které svým dílem prohlubují vnímání duchovního světa. Neoficiálně se jí říká Nobelova cena za náboženství. I proto je podle Kosatíka u části české společnosti nepříliš oblíben. „Zdá se, že jeho vzdělanost ho mnoha Čechům nepřiblížila, ale vzdálila,“ napsal Kosatík.

„Říkal jsem si, mně přece nejde o moc, mně jde o to, aby ty mé myšlenky nějakým způsobem inspirovaly a sloužily té společnosti. A možná, když to budu říkat v takové nezávislosti, že je to určitá výhoda, že v této roli mohu udělat více dobrého než kdybych byl spojen s tou politickou,“ dodal ke svému rozhodnutí nebojovat o Hrad.

„Byla chvíle, kdy jsem o tom vážně uvažoval, řekl jsem si všechny pro a proti. Byla tu tendence, že v českém povědomí je prezident chápán spíše jako morálně intelektuální autorita, to byl Masaryk, Havel, na to bych mohl určitým způsobem navázat, možná víc než kdokoliv jiný.  Pak se ale ukázalo, že se přece jenom ta situace změnila, že tento typ prezidentů lidé chtějí jen v určitých přelomových situacích. Dnes je situace jiná, dnes by se to tam nehodilo,“ míní Halík.