Dosud jsou odbory na ministerstvu rozděleny mezi šest sekcí. Jde o Sekci 1. náměstka, kterým je Tomáš Čoček, dále Sekce dopravní, kterou jako náměstek vede Ladislav Němec, Sekce legislativně-právní s náměstkem Jakubem Kopřivou, Sekce strategie a mezinárodní spolupráce a Sekce infrastruktury a letectví, které jsou v současnosti obě bez obsazení na pozici náměstka a nakonec Sekce státního tajemníka v čele s Martinem Vavřinou.

Reorganizaci Havlíček ohlásil už po svém nástupu do funkce ministra dopravy v závěru ledna. Úseky chce rozdělit podle produktového zaměření. Podle něj se tento systém osvědčil i na ministerstvu průmyslu a obchodu, které vede současně s resortem dopravy. Nové úseky tak budou rozděleny na sekci pro ekonomiku a infrastrukturu, dále na úsek silniční a veřejné dopravy, třetí bude úsek drážní, vodní a letecké dopravy. Zachovány by pak ze současné struktury měly být úsek legislativní a právní a sekce státního tajemníka.

Reorganizace by neměla znamenat rušení jednotlivých odborů, ty by jen měly být nově rozděleny do sekcí. Změnou bude sloučení kabinetu a kanceláře ministra. Obnoven bude také Odbor vodní dopravy. V minulosti plánoval bývalý ministr dopravy Dan Ťok převedení části pravomocí vodní dopravy pod ministerstvo zemědělství, jeho nástupce Vladimír Kremlík to však pozastavil.

V pondělí by plán na novou organizační strukturu měla projednat vláda, v případě schválení ministerstvo vypíše výběrová řízení na pozice náměstků. Havlíček deklaroval, že se do nich mohou přihlásit i současní náměstci, včetně Tomáše Čočka. Toho v minulých týdnech vyzval k rezignaci premiér Andrej Babiš (ANO), podle kterého Čoček nezvládl situaci kolem přípravy zakázek k elektronickým dálničním známkám. Ze stejného důvodu skončil Havlíčkův předchůdce Vladimír Kremlík.